Орден управляется Великим Магистром. Его полный титул: "Dei gratia Sacrae Domus Hospitalis Sancti Johannis Hierosolimitani et militaris Ordinis Sancti Sepulchri Dominici magister humilis pauperumque Jesu Christi custos" — "Божией милостью Смиренный Магистр Странноприимного Дома святого Гроба Господня и Охранитель Убогих Во Христе Иисусе" [174]
.Обладая рангом кардинала и принца королевской крови так же, как и достоинством князя Священной Римской Империи и в прошлом правящего князя Родоса, а затем Мальты, Великий Магистр пользуется как титулом Преимущества (он иногда переводится — Высокопреосвященство), так и титулом Высочества, Преимущественнейшего Высочества, и признается на международном уровне главой государства, пользуясь соответствующими суверенными почестями.
Нынешним 78-м Великим Магистром является Его Преимущественнейшее Высочество фра Эндрю Берти (кстати, первый в истории Ордена англичанин Великий Магистр), избранный в апреле 1988 г.
Великий Магистр управляет Орденом при содействии Суверенного Совета, возглавляемого им самим и состоящего из четырех высших должностных лиц Великого Магистерства, избираемых Великим Капитулом: Великий Командор, Великий Канцлер, Госпитальер и Держатель Общего Казначейства, а также из шести членов Совета. Эти должности выборные и их могут занимать рыцари, давшие обеты (и только в виде исключения, из числа рыцарей послушания). Это профессиональные члены Ордена, составляющие его сердце. Все происходят из самых аристократических семей Европы. Все проживают во дворце Великих Магистров, где ведут аскетический образ жизни подобно Блаженному Герарду, носят одежду XVIII века, пунктуально выполняют все церемониалы, ежедневно посещают мессу.
Папа Римский назначает своим представителем при Суверенном Военном Мальтийском ордене Кардинала Святой Римской Церкви, именуемого Кардиналом Покровителем (Cardinalis Patronus), который пользуется помощью Прелата Ордена (также утверждаемого папой). Прелат Ордена является церковным руководителем орденского духовенства и помощником Великого Магистра, в его обязанности входит попечение о духовном благополучии Ордена.
Жизнь и работа Ордена регулируется Конституцией, утвержденной Святым Престолом (апостолическое послание от 24 июня 1961 г.) и Кодексом (Сводом Законов), вступившем в силу 1 ноября 1966 г.
Кодекс де Рогана, изданный Великим Магистром де Роганом в XVIII веке, сохраняет свою действенность как дополнительный правовой источник в тех случаях, когда его положения применимы и не противоречат вышеуказанным двум другим источникам законности. Юридические вопросы и проблемы, имеющие для Ордена интерес и значение, разбираются Консультативным Юридическим Советом, назначаемым Великим Магистром с согласия Суверенного Совета.
Цели Суверенного Мальтийского ордена изложены в его Конституции:
— Орден считает своей задачей, в соответствии с многовековой традицией, приумножать честь Господа освящением членов Ордена со службой во славу веры и Святого престола, на благо ближнего своего.
— Верный божественным заповедям и наставлениям Господа нашего Иисуса Христа, направляемый учением Церкви, Орден поддерживает христианские добродетели братства и любви к ближнему, содействует им, творит милосердие, оказывая помощь больным, эмигрантам, беженцам, беспризорным детям и бедным. Он печется об укреплении их духа и веры; активно поддерживает католические миссии. Орден всегда готов прийти на помощь жертвам чрезвычайных катастроф и пострадавшим в войнах.
— Медицинские подразделения Ордена построены и действуют в соответствии с международными конвенциями и в рамках законодательства государств, с которыми заключены соответствующие соглашения [175]
.Мальтийский Орден имеет собственные суды первой инстанции и апелляционные суды с председателями, судьями, блюстителями законности и помощниками с правом совещательного голоса Суверенного Совета, утвержденными Великим Магистром. Апелляции по приговорам орденских судов могут подаваться в Кассационный Суд Государства Ватикан, который в таких случаях действует по доверенности от имени Ордена, может исполнять функции Верховного суда, Коллегии Аудиторов, избираемых Генеральным Капитулом, контролирует доходы и расходы Ордена.