Развитие капиталистических отношений в стране в первой половине XIX в. обусловило значительное увеличение сети высших учебных заведений. К 60-м годам XIX в. в России было уже восемь университетов, в составе которых открывались и медицинские факультеты: в Дерпте (Юрьеве ныне — Тарту, 1802), Вильно (1803); Казани (1804), Харькове (1805), Киеве (1841). Согласно Университетскому уставу 1804 г., университеты пользовались правом автономии (выборность ректора, деканов, профессоров и т. п.). Некоторые университеты являлись проводниками передовых демократических идей, – и правительство вело активную борьбу против свободолюбивых настроений в высших учебных заведениях страны.
В 1820 г. была назначена правительственная ревизия университетов.
В Казанском учебном округе ее осуществлял попечитель округа М. Л. Магницкий, который устроил подлинный разгром Казанского университета. В результате было запрещено вскрытие трупов, закрыты анатомический театр и музей, все препараты которого были отпеты и похоронены по церковному обряду.
Вышедший при Николае I новый Университетский устав 1835 г. запретил автономию университетов и подчинил их власти попечителей, назначаемых царским правительством. После отмены крепостного права в России автономия университетов была восстановлена (1863). Однако в 1884 г. в условиях усиления политической реакции царское правительство вновь ее отменило. Несмотря на это, университеты России и впредь оставались центрами свободомыслия и передовой науки.
Большой вклад в развитие материалистического естествознания внес профессор, патологии и терапии Московского университета, философ-материалист Иустин Евдокимович Дядьковский (1784-1841). В то время, когда в некоторых странах Западной Европы процветали идеалистические натурфилософские концепции (F. W. J. Schelling), И. Е. Дьяковский исходил из реальности и познаваемости окружающего мира. Он был убежденным сторонником диалектических взглядов на природу. Развивая учение о болезни, он исходил из представлений о единстве и целостности организма и окружающей природы, признавал ведущую роль центральной нервной системы и таким образом явился представителем раннего нервизма в российской науке. Его ученик и последователь физиолог И. Т. Глебов был учителем И. М. Сеченова.
Крупнейшим представителем терапии в России первой половины XIX в. был выпускник Московского университета (1800), а впоследствии его профессор (1809) и декан медицинского факультета Матвей Яковлевич Мудрое (1776-1831). Его система клинического обследования и индивидуального подхода к больным («лечить не болезнь, а больного») принесла ему славу выдающегося терапевта первой четверти XIX в. Основные ее положения сформулированы в его «Слове о способе учить и учиться медицине практической, или деятельному врачебному искусству при постелях больных» (1820). Истории болезней, которые М. Я. Мудров тщательно записывал «при постелях больных», были для него «дороже самой богатой библиотеки». Обследуя больных, он одним из первых в России применил методы пальпации, перкуссии и аускультации. Во время Отечественной войны 1812 г. вместе с профессорами медицинского факультета Московского университета М. Я. Мудров выехал в Нижний Новгород, где оказывал помощь раненым и больным.
М. Я. Мудров внес также существенный вклад в развитие военной гигиены («Слово о пользе и предметах военной гигиены.», 1809), деонтологии («Слово о благочестии и нравственных качествах гиппократова врача», 1814), в развитие учения о единстве и целостности организма (М. Я. Мудров, И. Е. Дядьковокий, И. М. Сеченов, Г. А. Захарьин, С. П. Боткин, И. П. Павлов).
Вторая половина XIX в. стала временем расцвета российских медицинских школ. В области терапии особое место занимали две научные клинические школы: школа С. П. Боткина, положившая начало экспериментальному направлению в отечественной клинической медицине (в Военно-медицинской академии), и школа Г. А. Захарьина, олицетворявшая искусство клинической практики (в Московском университете).
В истории медицинского факультета Московского университета период с 1863 по 1911 гг. был «золотым веком». В стенах Университета учились, работали, создавали научные школы профессора И. М. Сеченов, и Н. В. Склифосовский, Г. А. Захарьин и А. А, Остроумов, Н. Ф. Филатов и B. Ф. Снегирев, А. Я. Кожевников и C. С. Корсаков, Д. Н. Зернов и А. Й. Бабухин, Г. Н. Габричевский и Ф. Ф. Эрисман и многие другие, составившие славу российской науки.