Первоначальной задачей Аптекарского приказа являлось обеспечение лечебной помощью царя, его семьи и приближенных. Выписывание лекарства и его приготовление были сопряжены с большими строгостями. Предназначенное для дворца лекарство отведывалось докторами, его прописавшими, аптекарями, его приготовившими, и, наконец, лицом, которому оно сдавалось для передачи «наверх». Предназначенные для царя «отборные врачебные средства» хранились в аптеке в особой комнате – «казенке» за печатью дьяка Аптекарского приказа.
Являясь придворным учреждением, «царева аптека» лишь в порядке исключения обслуживала служилых людей. Сохранилось немало челобитных на имя царя с просьбой отпустить им то или иное лекарство. В челобитной иноземца П. А. Калиновского от 11 марта 1662 г. написано: «Занемог я заскорбел, лежу при деревни света житья не вижу четвертый месяц помираю голодною смертью, пить есть нечего. Вели государь для моей скорби (болезни) дать снадобья и вели из казны выдать денег». Резолюция: «выдать из Аптекарского приказа лекарства».
В другой челобитной от 27 июня 1658 г. солдат Митька Иванов сообщает: «я холоп твой ранен – пробит насквозь из карабина по самому животу и ниже. От той раны лежу во гноище и по сию пору раны не затворились. Вели государь меня излечить в аптеке». Резолюция: «его лечить и лекарства давать безденежно».
При наличии в стране лишь одной аптеки население покупало лекарства в зелейных и москательных лавках, где велась свободная торговля «зельем». Это вело к злоупотреблениям ядовитыми и сильнодействующими веществами. Таким образом, назрела необходимость государственной регламентации продажи лекарственных средств. К тому же растущая российская армия постоянно требовала регулярного снабжения войск медикаментами. В связи с этим в 1672 г, была открыта вторая в стране «...аптека для продажу всяких лекарств всяких чинов людям».
Новая аптека располагалась на Новом гостином дворе на Ильинке, близ Посольского приказа. Царским указом от 28 февраля 1673 г. за обеими аптеками закреплялось право монопольной торговли лекарствами.
Аптекарский приказ не только управлял аптеками. Уже к середине XVII в. из придворного заведения он вырос в крупное общегосударственное учреждение, функции которого значительно расширились. В его ведение входило: приглашение на службу врачей (отечественных, а совместно с Посольским приказом и иноземных), контроль за их работой и ее оплатой, подготовка и распределение врачей по должностям, проверка «докторских сказок» (историй болезней), снабжение войск медикаментами и организация карантинных мер, судебно-медицинское освидетельствование, собирание и хранение книг, руководство аптеками, аптекарскими огородами, и сбором лекарственного сырья.
Постепенно штат Аптекарского приказа увеличивался. Так, если в 1631 г. в нем служили два доктора, пять лекарей, один аптекарь, один окулист, два толмача (переводчика) и один подьячий (причем особыми льготами пользовались иноземные доктора), то в 1681 г. в Аптекарском приказе служило 80 человек, среди них 6 докторов, 4 аптекаря, 3 алхимиста, 10 лекарей-иноземцев, 21 русский лекарь, 38 учеников лекарского и костоправного дела. Кроме того, было 12 подьячих, огородников, толмачей и хозяйственных рабочих.
Во второй половине XVII в. в Московском государстве сложилась своеобразная система сбора и заготовки лечебных трав. В Аптекарском приказе было известно, в какой местности преимущественно произрастает то или иное лекарственное растение. Например, зверобой – в Сибири, солодовый (лакричный) корень – в Воронеже, черемица – в Коломне, чечуйная (противогеморройная) трава – в Казани, можжевеловые ягоды – в Костроме. Специально назначенные заготовители (травники) обучались методам сбора трав и их доставки в Москву. Таким образом, сложилась государственная «ягодная повинность», за невыполнение которой полагалось тюремное заключение.
У стен Московского Кремля стали создаваться государевы аптекарские огороды (ныне. Александровский сад). Число их постоянно росло. Так, в 1657 г. по указу царя Алексея Михайловича (1645-1676) было велено «Государев Аптекарский двор и огород перенесть от Кремля-города за Мясницкие ворота и устроить в огородной слободе на пустых местах». Вскоре аптекарские огороды появились у Каменного моста, в Немецкой слободе и на других московских окраинах, например, на территории нынешнего Ботанического сада. Посадки в них производились в соответствии с распоряжениями Аптекарского приказа.