Хуарес прекрасно понимал, что как для роста экономики, так и для централизации страны необходимо развивать сеть железных дорог, прежде всего между столицей и крупными портами. Дорогу от Веракруса к Мехико начали строить еще в 1837 году, но бесконечные войны и сильно пересеченный рельеф местности задерживали ввод магистрали в строй. В 1860 году в США находилось в эксплуатации 30 000 миль железнодорожных путей, а в Мексике - 150 миль.53
Дорога от Мехико до Гвадалахары протяженностью примерно в 425 миль занимала более недели, и то при условии сухой погоды. Во времена империи концессию на строительство железной дороги Мехико -Веракрус получили англичане. Возмущению многих не было предела, когда после войны Хуарес в нарушение закона, требовавшего конфискации имущества всех коллаборационистов, сохранил концессию за английской компанией. Причем к 1867 году фирма обанкротилась, и правительство Хуареса согласилось платить ей годовую субсидию в 560 тысяч песо в течение 25 лет. Газеты наперебой стали обвинять Хуареса в поддержке империалистов за государственный счет. К тому же одним из главных акционеров компании был некий Антонио Эскандон, который входил в состав мексиканской делегации, пригласившей Максимилиана на царство. Однако для Хуареса железная дорога была превыше всего, и ее строительство стало быстро завершаться. Английские инженеры совершали чудеса, строя мосты через глубокие ущелья. Аналогов таким сооружениям не имелось даже в США.Внутреннее положение правительства Хуареса с каждым годом осложнялось из-за роста крестьянских протестов против засилья либеральных помещиков. Но эти помещики являлись одним из двух столпов республики. Вторым был мелкий средний класс - государственные служащие, офицеры, учителя, адвокаты и т.д. Крестьяне либералами воспринимались как инертная консервативная сила, среди которой широко распространены религиозные предрассудки. Неудивительно, что к концу третьего президентского срока Хуареса страну захлестнула волна крестьянских выступлений.
На юге страны, где индейцы составляли большинство населения, движение зачастую носило религиозные формы. В 1869 году подняла восстание мексиканская Жанна д Арк - простая крестьянская девушка Августина Гомес Чечеп, объявившая себя новой спасительницей человечества.54
В1868 годурядом со столицей стали действовать «бешеные социалисты» (терминология мексиканской прессы того времени), последователи учения некого Плотино Родаканати, который именовал Христа «божественным социалистом человечества». Основным требованием повстанцев был раздел помещичьих земель. «Мы хотим социализма, мы хотим разрушить нынешнее злое государство эксплуататоров... Мы хотим мирно обрабатывать собственную землю».55
Ирония состояла в том, что оппозиция считала социалистом и индейца Хуареса. А тот особенно и не отказывался от этого титула. Во время одного из выступлений в Конгрессе он сказал: «Мы должны так организовать нашу жизнь, чтобы удовлетворить все потребности крестьянина, производящего основные богатства страны. Наш долг позаботиться, чтобы трудящийся имел просторный дом, школу для своих детей и был застрахован на случай болезни и безработицы. Мне скажут, что это социализм. Что ж, это слово меня не пугает. Социализм - естественное стремление улучшить условия и свободное развитие физических и моральных качеств человека. Каждому по его способностям, по его делам, по его знаниям. Тогда исчезнут привилегированные классы и несправедливые преимущества».56
В библиотеке президента был «Манифест коммунистической партии» Карла Маркса.Однако адвокат Хуарес был сторонником эволюционного развития общества и не мог принять любые насильственные попытки передела собственности. Поэтому он посылал войска и «руралес» против повстанцев. Но не везде правительственным войскам сопутствовал успех. Индейцы майя укрепились в труднодоступных джунглях Юкатана и создали там собственное государство, продержавшееся до 1901 года. Они покупали оружие в соседнем британском Гондурасе и предпринимали вылазки в сопредельные мексиканские штаты.
На севере Мексики, теснимые американскими поселенцами, появились апачи. Они угоняли скот местных помещиков и делали ведение сельского хозяйства почти невозможным. За время войн с апачами в конце XIX века погибли не менее 15 тысяч жителей страны. Не надеясь на армию, владельцы асиенд вооружали своих пастухов и рабочих, и вскоре в северных штатах страны возникли целые военные поселения. Именно эти люди впоследствии станут самыми боеспособными отрядами мексиканской революции.