Несмотря на всю сложность и противоречивость взаимоотношений между Кальесом и коммунистами, компартия оказала президенту безоговорочную поддержку в период самых тяжелых для правительства испытаний, когда оно столкнулось с масштабным реакционным мятежом, получившим название «движение кристерос».
По господству католической церкви в Мексике был нанесен сильный удар еще во время гражданской войны между либералами и консерваторами в середине XIX века. Католическое духовенство стойко поддерживало консерваторов, а затем и французских интервентов. Конституция 1857 года лишала церковные организации недвижимости. Однако при Диасе, который тоже формально был либералом, между государством и церковью началось постепенное сближение, хотя никаких послаблений на законодательном уровне принято не было.
После убийства лидера мексиканской революции Мадеро в феврале 1913 года церковь поддержала военную диктатуру Уэрты. Когда Уэрта бежал за границу в 1914 году, его примеру последовали многие епископы. В борьбе Каррансы с Сапатой и Вильей церковный вопрос также имел немаловажное значение. И Сапата, и Вилья терпимо относились к религии, так как большинство их бойцов были крестьянами, считавшими католическую веру основой своего жизненного уклада. Поэтому солдаты Сапаты в конце 1914 года входили в Мехико с изображениями покровительницы Мексики девы Марии Гуадалупе. Карранса использовал это для того, чтобы представить своих противников наймитами реакции. Окружение самого Каррансы состояло из городских жителей среднего класса, среди которых отрицательное отношение к религии было признаком хорошего тона и служения прогрессу. Многие мексиканские интеллектуалы и офицеры новой революционной армии были атеистами, причем воинствующими, масонами или протестантами.
Естественно, при обсуждении победившими каррансистами новой Конституции церковный вопрос занял основное место. Главную роль в формулировке «церковных» статей основного закона (3, 27 и 130) играл будущий коммунист и один из самых радикальных генералов конституционалистской армии Мухика. Карранса, которого волновали прежде всего отношения собственности в стране, первоначально считал церковный вопрос второстепенным и был склонен уступить здесь мнению левого большинства конституционного Конвента в Керетаро.
Новая Конституция подтверждала запрет на владение церковью любой недвижимости. Все храмы, а их в Мексике было около 7 тысяч, объявлялись собственностью нации. Распускались монастыри и католические ордена. Запрещалось религиозное обучение, не разрешалось проведение любых актов богослужения вне стен церквей. В проповедях запрещалось касаться любых политических тем, а тем более критиковать власти и Конституцию. Организации, в названиях которых были использованы религиозные понятии, запрещались. Все священнослужители лишались избирательных прав. Наконец, особое недовольство церкви вызвало положение Конституции, по которому власти оставляли за собой право допускать или не допускать к богослужениям тех или иных священников путем их обязательной регистрации.
Таким образом, положения мексиканской Конституции 1917 года были гораздо более радикальными по отношению к церкви, чем законодательная практика Советского Союза. В СССР церковь отделили от государства, а в Мексике, по сути, само государство подчинило себе церковь.
Важно отметить здесь и важный внешнеполитический момент. Обычно озабоченные правами человека в других странах, США сами крайне отрицательно относились, да и относятся к католикам как слугам иностранного государства – Ватикана. Поэтому поначалу они никак не критиковали действия мексиканских властей. Еще в 1960 году избранию сенатора Джона Кеннеди на пост президента едва не помешало его католическое вероисповедание. К тому же ослабление влияния католицизма в Мексике вело к успехам протестантских миссионеров, которые прибывали из США.
Сразу же после принятия новой Конституции некоторые радикальные губернаторы штатов (прежде всего сам Кальес) изгнали из своих штатов всех священников. Церковь протестовала, и Карранса, как уже упоминалось, внес в Конгресс предложение об изменении Конституции. В частности, он хотел отменить обязательную регистрацию священников властями. Однако Конгресс твердо стоял на антикатолических позициях и никаких изменений не одобрил.
Прагматик Обрегон в церковном вопросе придерживался следующей линии. В тех штатах, где влияние церкви было небольшим, как в его родной Соноре, положения Конституции проводились в жизнь. В штатах же центральной и южной Мексики, где католицизм все еще был религией крестьянских масс, Конституция на практике в жизнь не проводилась. По-прежнему существовали церковные школы, а священники фактически контролировали всю церковную недвижимость.