Когда Фридрих подрос, он вступил в конфликт со своим опекуном. Уж слишком много требовал Иннокентий III от своего воспитанника. Когда у Фридриха появилась возможность стать императором, папа поставил свои условия. Фридрих должен был пообещать, что подавит силой ересь, распространившуюся в Германии. Более того, он должен был отречься от Сицилии и южной Италии, поскольку он был бы для папы слишком могущественным противником. И еще: германское духовенство следовало освободить от всех налогов. Фридрих согласился — вот только выполнять свои обещания он не собирался. К этому времени папа уже успел впутать французского короля в войну с собственными подданными, приказав объявить жестокий и кровавый крестовый поход против вальденсов; теперь он желал, чтобы Фридрих сделал то же самое и в Германии. Только Фридрих, гораздо больший еретик, чем те богобоязненные простаки, обратившие против себя папский гнев — вовсе не обладал запалом крестоносца. Когда же Иннокентий настоял, чтобы он объявил крестовый поход против мусульман с целью отобрать у неверных Иерусалим, он столь же был готов давать обещания, равно как и не спешить с их выполнением.
Обеспечив себе императорскую корону, Фридрих II осел на Сицилии, которую, в качестве собственной резиденции, предпочитал Германии и даже и не думал о выполнении давних клятв; Иннокентий умер в 1216 году, его надежды так и не исполнились.
Гонорий III, наследник Иннокентия, тоже не смог справиться с Фридрихом, зато Григорий IX, вступая на трон (1227 г.), был готов любой ценой свести счеты с непокорным юношей. Фридрих II был объявлен вне религии. Только в Сицилии, при наполовину арабском дворе, это особого впечатления как-то не произвело. Тогда папа направил императору открытое письмо, в котором перечислил все его преступления (ничего от себя не прибавляя), все его богохульства и примеры плохого поведения. На это Фридрих ответил документом, составленным с истинно сатанинской хитростью. Это было открытое письмо ко всем европейским повелителям, в котором впервые было ясно определено отношение папы к светским князьям. С неслыханной яростью Фридрих атаковал явное стремление папы римского к захвату абсолютной власти над всей Европой. Он склонял всех светских повелителей выступить против подобных претензий. Особое внимание князей он обратил на растущие богатства Церкви.
Выпустив этот смертельный снаряд, Фридрих решил исполнить обещание, данное двенадцать лет назад и объявит крестовый поход. Это был шестой крестовый поход (1228 г.), превратившийся в фарс. Фридрих прибыл в Египет, где встретился с султаном, с которым начал деловые переговоры. Оба повелителя, одинаково скептично относящиеся к вопросам веры, обменялись рядом мнений и заключили выгодный для обеих сторон торговый договор, согласившись в том, что Фридрих забирает себе Иерусалим. По сути своей, это был уже совершенно новый вид крестовых походов, основанный на личном договоре. Обошлось и без крови, забрызгивающей победителей, так и без «слез от чрезмерной радости». Поскольку этот удивительный крестоносец был проклят церковью, он удовлетворился всего лишь светской коронацией, когда объявил себя королем Иерусалима — Фридрих собственноручно взял корону с алтаря, поскольку духовенству к нему подходить не разрешалось. После этого он возвратился в Италию и выгнал оттуда папские войска, которые к этому времени захватили его владения, и заставил папу снять с него анафему. Вот как могли поступать светские повелители с папами в XIII веке, уже не опасаясь народных возмущений. Подобного рода вещи были уже в прошлом.
В 1239 году Григорий IX вновь начал войну с Фридрихом, второй раз наложил на него анафему и занялся публичным обливанием грязью, в результате чего папству становилось только хуже. Со свежей силой спор разгорелся после смерти Григория, после которого на папский трон вступил Иннокентий IV. И снова Фридрих направил против Церкви убийственное письмо, которое надолго осталось в людской памяти. Император осуждал в нем гордыню и безбожие духовенства, а испорченность времен приписывал богатству князей церкви и их пренебрежению к жизни простого народа. В письме он уговаривал своих коллег князей конфисковать церковные владения — ради добра самой же Церкви. Один раз высказанная мысль с тех пор уже не покидала умов светских повелителей.