Восходя к вершинам военной славы, Чингисхан довольствовался положением верного подчиненного Ван-хана. Их совместные кампании против соседних племен велись на огромных пространствах степей от Азии до Хингана. Однако их самым опасным противником был завистливый и злобный Джамуха, который собрал в коалицию все недовольные и нетерпимые племена округи – меркитов и найманов, татар и тайджиутов и даже племя жены Чингисхана унгиратов, против двух сильных союзников, нацелившихся на господство над всей кочевнической Азией. Не все монголы были верны Чингисхану, но его холодная уверенность и военное мастерство преодолели все преграды. Жестокие сражения велись, невзирая на дожди и снег суровой монгольской зимы. Племена коалиции, перемещение которых, вероятно, было нескоординированным, были разбиты и рассеяны. Татары понесли суровое наказание за убийство Есугея – в 1202 году у подножия Хингана имело место массовое убийство. Чингисхан и Ван-хан получили возможность править без конкурентов.
Взаимная верность этих двух лидеров была поколеблена поведением Ван-хана – престарелого, слабого и нерешительного принца, который не единожды выказывал по отношению к своему партнеру неблагодарность, не говоря уже о предательстве, недостойном анда. Чингисхан сдерживал ярость, пока его не уязвил отказ сына Ван-хана отдать свою дочь Джучи. Это была незаслуженная отповедь и унижение. Вскоре произошел разрыв. Соперники приготовились бороться за главенство. Ван-хан предложил командование своей армией Джамухе, который отверг эту честь. Первые столкновения были нерешительными, но силы Чингисхана оказались в меньшинстве, и, отправив письменную претензию своему бывшему покровителю, в котором он называл его «хан, мой отец», Чингисхан в 1203 году увел своих людей на восток к озеру или реке Балджуна, точное положение которой неясно. Среди тех, кто посетил Чингисхана там, был мусульманский купец по имени Хасан, торговавший собольими и беличьими шкурками. Это был первый мирный контакт великого завоевателя с исламом, который еще не проник в его страну.
У озера Балджуна людей Чингисхана постоянно теснили превосходящие силы врага. Они были вынуждены прятаться и пить воду, выжатую из мокрого ила, но сохранили верность своему лидеру. Впоследствии, когда Чингисхан стал хозяином Азии, все те, кто были с ним у Балджуни, были удостоены самых высоких почестей. Время было на его стороне. Коалиция, созданная против него сыном Ван-хана, распалась. Все больше племен переходили на сторону Чингисхана. Достаточно укрепив свои силы, он спланировал и организовал внезапное нападение на кераитов, которое закончилось полной победой и бегством Ван-хана в страну найманов, где он был убит пограничной стражей. Народ кераитов утратил независимость и был распределен по нескольким монгольским образованиям. Эта политика впоследствии применялась в более широких масштабах и была рассчитана на уменьшение опасности мести и предательства со стороны побежденных врагов.
После падения кераитов одни только найманы могли оспаривать его господствующее положение в степях. Его враги, включая меркитов и вездесущего Джамуху, нашли убежище в лагерях найманов. К ним присоединились онгуты, тюркский народ, принявший несторианскую веру, действовавший как стражи подходов к Цзинь к северу от провинции Шаньси. Чтобы приготовиться к решающему сражению, Чингисхан весной 1204 года созвал курултай, выработавший план кампании. Осеннее сражение, состоявшееся там, где впоследствии вырос Каракорум, закрепило главенствующее положение монголов. После ожесточенной битвы найманы были разбиты, их правитель умер от ран, его сын Кучлуг бежал на запад к каракитаям, а Джамуха, настроивший сначала кераитов, а потом найманов против своего бывшего анда, был схвачен и казнен. Остатки меркитов были подчинены Субэдэем, который позже стал самым блестящим военачальником Чингисхана, и вошли в монгольскую армию. Чингисхан, теперь правивший безраздельно от Алтая до Хингана, был объявлен верховным ханом «всех, кто живет в шатрах из шкур». Соответствующий курултай состоялся в 1206 году на берегах Онона. С этого времени идет отсчет имперского правления Чингисхана.