Могила м. Матроны отнюдь не единственное на кладбище захоронение, почитаемое православными верующими. Даниловское кладбище по числу таких захоронений рекордсмен — их здесь семнадцать! Особенно много паломников бывает на могилах афонского иеросхимонаха Аристоклия, скончавшегося в 1918 году, и его ученика старца иеромонаха Исайи, скончавшегося в 1958 году. Есть свидетельства и об их чудесном заступничестве за своих молитвенников. В 2004 году иеросхимонах Аристоклий был канонизирован, и мощи его обретены. По слухам, рано или поздно должны быть прославлены и некоторые другие даниловские угодники.
Как рассказывают работники кладбища, они заметили удивительную примету «святости» этих почитаемых могил: там обычно сидит кругом много птиц, как правило, голубей, причем они совершенно не боятся людей — клюют корм с ладони, садятся паломникам на руку, на плечо и т. п. Такое наступает чудесное единение человека и природы, как это происходило в затворе у Серафима Саровского, к которому приходили и ластились лесные звери, в том числе медведи.
На кладбище было похоронено много московских и подмосковных священников. Вот только некоторые надписи на крестах и памятниках на могилах духовенства:
Всех могил лиц духовного звания вокруг Свято-Духовской церкви насчитается не один десяток. Похоронены тут и архиереи:
Совсем рядом с могилой иеросхимонаха Аристоклия, за Никольских храмом-часовней, в 2003 году был похоронен популярнейший среди москвичей архиерей — митрополит Питирим. Мирское имя владыки — Константин Владимирович Нечаев. Он родился в городе Козлове в 1926-ом, но в Москву попал еще в детстве. Учился в Московском институте инженеров транспорта — известном МИИТе. Но будучи еще студентом, стал иподьяконом в Богоявленском соборе. Тогда же его призрел святейший патриарх Алексий Первый. Он лично рукоположил Константина Нечаева поочередно — в дьяконы, в иереи, возвел в сан архимандрита, назначил редактором «Журнала Московской Патриархии» и председателем Издательского отдела Московской патриархии. Одновременно Питирим закончил Московскую духовную семинарию и духовную академию. Наконец, в 1963 году патриарх хиротонисал его в епископы, затем возвел и в архиепископы. А уже при следующем патриархе — Пимене — Питириму был пожаловал сан митрополита Волоколамского и Юрьевского.
Особенно прославился владыка Питирим своей редакторской и издательской деятельностью. Начало служения Питирима выпало на тяжелый для церкви период, когда на смену сталинскому либерализму пришла хрущевская реакция. Новая верховная власть декларировала возврат к «ленинским нормам» в жизни государства и общества, поэтому гонения на церковь в целом, и в частности на детище И. В. Сталина — Московскую патриархию, обрушились с невиданной силой. В этих условиях издавать еще какую-то церковную и богословскую литературу было равнозначно подвигу. Питириму же в это время не только удалось сохранить журнал, но еще и увеличить его тираж. Кроме того, Издательский отдел выпустил полное собрание богослужебных миней, восьмитомную «Настольную книгу священнослужителя» и много другой литературы.