С такой ситуацией столкнулась внезапно увеличившаяся империя халифов, с которой по величине мог соперничать только Китай. Это было блестящее государственное достижение не только арабской аристократии, но также «Повелителя правоверных» Умара, определившего если не мелкие детали, то общий курс в высшей степени рационально и успешно. Поэтому империя многое потеряла, когда христианский раб 3 ноября 644 года убил его, руководствуясь исключительно соображениями личной мести. Потеря была тем более серьезной, поскольку, как оказалось, только непоколебимый государственный лидер мог обеспечить дальнейшее продолжение завоеваний. Такое лидерство прекратило свое существование, когда халифом был избран не самый сильный, а самый слабый из числа сподвижников пророка по имени Усман, принадлежавший к аристократическому рода Курайш, как и сам пророк. Сподвижники сделали такой выбор в надежде, что их влиянию и амбициям никто не будет мешать. Так и вышло. Но это положило начало разногласиям, причинившим немалый вред интересам теократии в Медине. Усман, в юности бывший элегантным денди (и люди считали, что он присоединился к пророку, только чтобы жениться на его прелестной дочери), стал смирным и хотя и честным, но легко поддающимся влиянию мужчиной. На него старались повлиять члены его семьи и связанная с ними мекканская аристократия, решившая, что настало время усмирить группы, в основном вышедшие из низших классов, которые в свое время возвысились благодаря изначальной приверженности пророку, и вернуть свое прежнее господство, пусть даже под официальным флагом ислама. Именно ему они были обязаны большими успехами за границей и увеличившейся собственностью. Первоначально это был вопрос получения влиятельных постов в администрации. Одной из ведущих фигур в партии был Муавия, выходец из Омейядов, также принадлежавших к Курайш, родственник нового халифа. Попытка избавиться от Амра, правителя Египта, оказалась неудачной, поскольку без него нельзя было обойтись. Но должности второго плана в провинциях, губернаторы которых оказались неустранимыми, попали в руки представителей аристократии. Эту практику в определенной мере оправдывает тот факт, что в аристократические группы входили единственные арабы, обладавшие необходимой широтой мировоззрения и достаточной приспособляемостью, чтобы контролировать ситуацию в новых завоеванных странах, находя компромисс между противоположными требованиями. Как правило, развитие событий показывало их правоту. Этот довод, разумеется, не мог быть оценен по достоинству разочарованными элементами, особенно религиозными. И они направили свое негодование на Усмана, который оставался марионеткой свиты и позволял использовать себя как инструмент аристократии.
Халиф лично не заботился о самообогащении. Его интересовали теологические вопросы. Несистематизированная компиляция откровений пророка неизбежно положила начало расхождениям в священном тексте. Разные варианты текста могли привести к спорам между отдельными племенами и подразделениями армии. Халиф решил, что настало время собрать все откровения в одну книгу и составить полный письменный текст Корана. Эта задача был выполнена с точностью, удивительной для того времени, бывшим секретарем пророка Зайдом ибн Сабитом и его помощниками. Для истории ислама редактирование Корана было важнейшим достижением правления Усмана. За границей экспансия шла своим чередом и постепенно остановилась. Внутри империи халиф больше не мог вмешаться в урегулирование дел и определение политической линии. Вся энергия была парализована растущим недовольством в широких кругах, к которым присоединились два знаменитых сподвижника пророка, Тальха и Зубайр, а также его вдова Аиша. Недовольные жители Медины устанавливали контакт с нелояльными группами в Южной Месопотамии и Египте, и в конце концов отряд повстанцев выступил из Египта на город, в котором не было войск – все борцы за веру оставались на границах. Халиф был вынужден вступить в переговоры. Представляется, что ситуация была спасена, когда египтяне, взбудораженные предательскими интригами, взбунтовались и осадили дом халифа. Затем они пошли на штурм, и в 656 году халиф был убит. Традиция повествует, что он был восьмидесятилетний старик и не участвовал в сражениях. Когда ему был нанесен смертельный удар, он читал Коран. Книга оказалась залита его кровью.