Движение исмаилитов, в свою очередь, раскололось на несколько отдельных ветвей. В основном причинами раскола были ссоры относительно претендентов. Так появилась очень странная секта, проникнутая даже больше, чем другие, гностическими теориями, философскими знаниями эллинистического происхождения, а также христианскими и мандейско-баптистскими идеями. Членов этой секты называли карматами, по имени их лидера, которого звали Хам-дан Кармат. (Имя Кармат – Qarmat – может быть арамейским словом, обозначающим «учитель тайных знаний».) Они создали собственное государство в удаленном регионе Аль-Бахрейн, на востоке Аравии, откуда они несколько десятилетий мешали проходу паломников в Мекку. В 930 году они вынесли черный камень Каабы из города, который длительное время сотрясали восстания – под флагами Алидов и других лидеров. Четверть века прошло, прежде чем камень удалось вернуть. Также они проникли в южную часть Месопотамии, пребывавшую в беспорядке после недавних восстаний джатов и занджей. Хотя они не выступали за какие-либо радикальные социальные реформы и в большой степени зависели от рабского труда, в период с 890 до 906 года они добавили халифату (который к этому времени снова вернулся в Багдад) серьезных трудностей. Одним из результатов их деятельности стало то, что в ходе следующего века (951–968) претенденты из Алидов смогли относительно легко стать хозяевами Центральной Аравии, в том числе священных городов. Они носили титул шерифов, и в целом их правление продолжалось больше двух веков.
Был еще один регион, в котором несуннитские независимые движения добились успеха. Это Северная Африка. Единственная страна, чьи сепаратистские тенденции были избавлены от сектантских противоречий, – Египет. Нильская долина, которую в VIII и X веках сотрясали коптские восстания, а также эпидемии чумы, осталась верной халифам и со временем восстановила свою экономику. Упадок производства папируса компенсировался возделыванием двух новых культур, привезенных арабами, риса и сахара. (Хлопок выращивали только в Персии, где он был исконной культурой.) Из-за отсутствия полезных ископаемых подавляющее большинство населения занималось сельским хозяйством. Снабжение продовольствием и налогообложение строго регулировались, о чем нам точно известно из множества сохранившихся записей. Правительственная монополия на пшеницу с огромными зернохранилищами обеспечивала питание жителей даже в голодные времена. В торговле использовались документы, аналогичные чекам и оборотным векселям. Администрацию возглавляли правители, которые после 750 года часто были аббасидскими принцами, а после 856 года – тюркскими военачальниками. Последние, однако, нередко предпочитали оставаться при дворе в Самарре или Багдаде, чтобы сохранить влияние, а в Египет направлять своих представителей. Один такой представитель, Ахмед, сын тюркского раба Тулуна, сумел так укрепиться на своем месте, что с 868 года и далее никогда не покидал свой пост, хотя его и призывали халиф и визирь. Он даже добился отзыва приставленного к нему чиновника-финансиста. Все еще признавая формальное главенство халифата – имя халифа упоминалось в пятничных молитвах, он управлял страной фактически независимо до самой своей смерти в 883 году. Мудрой налоговой политикой и армейскими реформами он принес стране процветание. Его сын Хумаравейх, несмотря на неудачи, сохранил плацдармы (необходимые Египту с древности), которые его отец занял в Палестине и Сирии, но после его внезапной смерти в Дамаске в Египте начались серьезные беспорядки из-за престолонаследия, и войска халифа в 905 году вернули контроль над Египтом.
Последующая судьба Египта определилась в Северной Африке. Противодействие берберов претензиям арабов на социальное и религиозное господство рано открыло дорогу к распространению хариджизма с его уравнительными тенденциями и привело к появлению нескольких недолговечных хариджитских государств, в том числе государства абадитов (ибадитов), которое продержалось 130 лет в Алжирских Атласских горах (761–908). Долина Мзаб в Северной Сахаре и территория Умана (Омана) в Аравии вместе с зависимым государством Занзибар остались пристанищем хариджизма до настоящего времени.
Более важную политическую роль играла династия Аглабидов. Из старой провинциальной столицы Кайруан и построенного рядом нового города Раккада они в начале IX века распространили свою власть на обширную территорию и только номинально признавали халифов в Багдаде. Их владения раскинулись далеко на запад, и они периодически имели стычки с испанскими Омейядами. Для будущего цивилизации самым важным деянием Аглабидов было завоевание Сицилии. Оно началось с захвата ими Палермо в 831 году. За следующие десятилетия они заняли треть острова и начали угрожать побережью Италии. Дважды – в 846 и 849 годах – они угрожали даже Риму. В Таранто и Бари они держались продолжительное время (между 841 и 915 годами).