Субстанции определяются по противоположности: ум - субстанция неделимая, тело - субстанция делимая; первая составляет, по Декарту, предмет метафизики, вторая - предмет физики, т.е. механики. Для того чтобы последовательно провести это разделение всего сущего на две субстанции, Декарту надо было устранить ту реальность, которая делала возможным преодоление разрыва между умом и телом, - душу. И в античности, и в значительной мере в средние века (во всяком случае, в той традиции, которая шла от Аристотеля, т.е. у томистов) душа выступала как "средний термин" между духом и плотью. При этом душе приписывались такие способности, как воображение, чувство, стремление (желание), - родственные у человека с животными.
Декарт же, как мы выше уже отмечали, считает воображение, чувство, желание и т.д. модусами ума, и это не случайно: он хочет тем самым подчеркнуть, что нет надобности допускать в человеческом существе никаких субстанций, кроме ума и тела. Не случайно он также употребляет выражение "душа, или ум": он не признает ни животной, ни растительной души, как это мы видели у Аристотеля и аристотеликов; есть одна душа, разумная, и имя ее - ум. Животные же, по Декарту, не говоря уже о растениях, никакой душой не наделены, они - автоматы, такие же, как и "телесная субстанция" человеческое тело. Последнее же есть "машина, которая, будучи создана руками Бога, несравненно лучше устроена и имеет в себе движения более изумительные, чем любая из машин, изобретенных людьми".
Характерно, что пропасть, вырытая таким образом между человеком и миром других живых существ, служит, согласно Декарту, дополнительным аргументом в пользу бессмертия души. "...Нет представления, которое бы удаляло слабые умы с правильного пути добродетели в большей мере, чем то, будто душа животных имеет ту же природу, что и наша, и, следовательно, нам в той же мере, как мухам и муравьям, нечего бояться и не на что надеяться после этой жизни. Напротив того, когда знаешь, сколь эти души различны, понимаешь гораздо лучше доводы, которые доказывают, что наша душа имеет природу, совершенно не зависящую от тела, и, следовательно, не подвержена смерти вместе с ним; а так как других причин, которые бы ее разрушали, не видно, то, естественно, склоняешься к мысли о ее бессмертии".
Как видим, представление о природных существах, и о человеческом теле в том числе, как о машинах у Декарта так же связано с христианским догматом о творении, как и у теологов XIV столетия, в частности у Буридана. Уже в XIII и особенно в XIV вв. появляется аналогия твари с механизмом, а Бога-Творца - с механиком, который неизмеримо превосходит искусностью любого инженера; эта аналогия представляет собой излюбленную идею XVII столетия - века торжества механики, возведенной в основной мировоззренческий принцип; но и у Декарта, одного из самых последовательных представителей механицизма, связь между идеей природы как системы машин и идеей трансцендентного Бога-Творца можно проследить едва ли не на каждой странице его сочинения. Бессмертие души Декарт тоже связывает с тезисом о том, что всякое тело есть механизм, не более; тем самым и Бог, и человек, обладающий разумной бессмертной душой, выносятся за пределы природного мира и ставятся над ним в качестве Великого и Малого Творцов.
Такова подоплека декартовского учения о двух противоположных субстанциях духовной и материальной. Первая открыта нам непосредственно, вторую мы узнаем опосредованно. Декарт определяет субстанцию как вещь, которая не нуждается для своего существования ни в чем, кроме самой себя. Если строго исходить из этого определения, то понятие субстанции можно отнести только к Богу; что же касается вещей мыслящих или протяженных, то они сотворены Богом, а "нет ничего сотворенного, что могло бы просуществовать хотя бы мгновение, не будучи поддерживаемо и хранимо его могуществом". Таким образом, Декарт сам признает, что к творению понятие субстанции можно применить лишь условно, с целью отличить среди сотворенных вещей те, которые для своего существования нуждаются "лишь в обычном содействии Бога", от тех, которые для этого нуждаются в содействии других творений, а потому носят название качеств и атрибутов, а не субстанций.
Как раз в этом пункте, где у Декарта возникает некоторая неопределенность, его понятия были уточнены, с одной стороны, окказионалистами, а с другой Спинозой. У последнего мышление и протяжение носят имя не субстанций, а атрибутов, и таким образом преодолевается неоднозначность декартовского определения субстанции, снимается тот на первый взгляд резкий дуализм, который входит в философию вместе с учением о двух субстанциях. Однако в строгом смысле слова дуализма нет и у самого Декарта: связь между субстанциями обеспечивается Богом, Творцом обеих, и именно эта связь делает возможным познание телесной субстанции со стороны субстанции духовной.