I. В царствование Михаила Палеолога на патриарший константинопольский престол восходили преемственно пять патриархов, из которых один — Арсений занимал его два раза. Нет никакого сомнения, что этот патриарх начал патриаршествовать с 1255 года; ибо в том же году произошло вступление на престол Феодора Ласкариса, бывшее причиною ускоренного возведения Арсения на степень патриарха. Притом, надобно полагать, что Арсений принял патриархию не ранее, как в последнем месяце означенного года; потому что в предпоследнем — ноябре Феодор, после похорон отца, занявшись избранием патриарха, сносился еще с Никифором Блеммидом и ему, как любимому своему наставнику, предлагал патриаршество. Приглашение его на патриарший престол производилось чрез посланников и, по дальнему расстоянию обители, в которой приглашаемый подвизался, конечно, требовало немало времени. Никифор отказался от предлагаемого ему предстоятельства, — и тогда уже обращено было внимание на Арсения, которого, так как предназначенный день коронования царя (№ I) приближался, надобно было провесть по всем степеням иерархии в одну неделю.
II. Патриаршествование Арсения, начавшееся около половины декабря 1255 года, спокойно продолжалось до смерти Феодора, случившейся в 1259 году, и даже до коронации Михаила Палеолога, которое, по всей вероятности, происходило в феврале 1260 года. Но с этого времени душа патриарха стала возмущаться замыслом царя возвратить отрока Иоанна в частное состояние, и он вскоре оставил свой престол и удалился в монастырь Пасхазия. Это должно было случиться в марте того же 1260 года; ибо об удалении его донесено было царю тогда, когда он собирался переправиться чрез Геллеспонт для осмотра недавно взятой Силиврии; а это падает на месяц апрель, так как в этом именно месяце предпринимаемы были внутренние экспедиции с воинскою целью. Итак, месяцем апрелем 1260 года окончилось первое патриаршествование Арсения.
III. По отречении Арсения, на патриарший престол тотчас возведен был Никифор; потому что царь спешил отправиться для осады Галаты, да и сам Никифор давно ожидал патриаршего сана. Начало его патриаршествования относилось, по всей вероятности, к концу апреля или к началу мая 1260 года. Не пользуясь любовью никеян и рассорившись с ними, новый патриарх уезжает в царский лагерь под Галатою и там проводит все лето, до самого отступления царя от Галаты; а по отступлении, едет вместе с царем в Нимфей и там умирает — уже осенью, или при начале зимы того же 1260 года. Таким образом его патриаршествование продолжалось не более семи или восьми месяцев. После него церковь оставалась без предстоятеля около года; потому что царь, приняв твердое намерение отнять у Иоанна всякую надежду взойти когда-нибудь на престол, старался облечь в сан патриарха такое лицо, которое не мешало бы осуществлению его замысла. Наконец, уже по взятии Константинополя, мысли царя остановились на Арсение, — и ему, под известными условиями, предлагается снова вступить на патриарший престол. Арсений соглашается и — вступает.
IV. Вторичное вступление Арсения на патриаршество должно было совершиться вскоре по вступлении Михаила в Константинополь. Это видно из того, что Арсений вторично короновал Палеолога в первый, по своем прибытии в столицу, воскресный день; а в этот день на ектениях, после царя и царицы, велено было поминать кесаря Алексея Стратигопула, за совершенный им подвиг освобождения Константинополя. Следовательно, дело освобождения столицы тогда было еще столь новое, что виновников его до того дня царь не успел и вознаградить. Итак, если положим, что Константинополь взят кесарем Алексеем 25 июля 1261 года (Пах. II. 28), а торжественное вступление Михаила в эту столицу, по Акрополиту (с. 88), происходило в день Успения Божией Матери, т. е. 15 августа; то возвращение Арсения на патриарший престол надобно относить к концу августа, а коронование Палеолога — к началу сентября. С этого времени до 25 декабря 1261 года зрела в голове царя мысль об ослеплении отрока Иоанна.