В соответствии с Женевскими соглашениями последние советские части покинули Афганистан.
Июль 1979 ‒ прибытие в Баграм батальона из 111-го парашютно-десантного полка 105-ой воздушно-десантной дивизии, фактически, после штатного переформирования в 1979 году ‒ отдельного батальона 345-ого ОПДП. Это было первое регулярное подразделение Советской Армии в Афганистане.
9-12 декабря ‒ прибытие в Афганистан первого «мусульманского батальона» ‒ 154-ого оо СпН 15-ой обрСпН.
14 декабря ‒ прибытие в Баграм еще одного отдельного батальона 345-ого ОПДП. Силами этих 3 батальонов, а также небольшими отрядами спецподразделений КГБ и предполагалось осуществить операцию «Шторм» (см. ниже).
25 декабря ‒ колонны советской 40-й армии пересекают афганскую границу по понтонному мосту через реку Амударья. Х. Амин выразил благодарность советскому руководству и отдал распоряжение Генеральному штабу Вооруженных Сил ДРА об оказании содействия вводимым войскам.
27 декабря, вечер ‒ Операция «Шторм» (штурм дворца Амина).
10-11 января ‒ попытка антиправительственного мятежа артполков 20-й афганской дивизии в Кабуле. В ходе боя было убито около 100 мятежников; советские войска потеряли двоих убитыми и еще двое были ранены.
23 февраля ‒ трагедия в туннеле на перевале Саланг. При движении встречных колонн в середине тоннеля произошло столкновение, образовалась пробка. В итоге задохнулись 16 советских военнослужащих.
Март ‒ первая крупная наступательная операция подразделений ОКСВ против моджахедов ‒ Кунарское наступление.
20-24 апреля ‒ массовые антиправительственные демонстрации в Кабуле разогнаны низкими полетами реактивных самолетов.
Апрель ‒ Конгресс США санкционирует «прямую и открытую помощь» афганской оппозиции в размере 15 миллионов долларов. Первая войсковая операция в Панджшере.
19 июня ‒ решение Политбюро ЦК КПСС о выводе из Афганистана некоторых танковых, ракетных и зенитно-ракетных частей.
12 августа ‒ прибытие в страну спецподразделений КГБ СССР «Карпаты».
Сентябрь ‒ бои в горном массиве Лур-Кох в провинции Фарах; гибель генерал-майора Хахалова
29 октября ‒ ввод второго «мусульманского батальона» (177 оо СпН) под командованием майора Керимбаева («Кара-майора»).
Декабрь ‒ разгром базового пункта оппозиции в районе Дарзаб (провинция Дзаузджан).
3 ноября ‒ трагедия на перевале Саланг. В этот день произошла самая массовая одновременная гибель советских солдат за все время нахождения в Афганистане контингента советских войск. 64 человека погибли в результате отравления угарным газом в тоннеле перевала Саланг провинции Парван.
15 ноября ‒ встреча Ю. Андропова и Зия уль-Хака в Москве. Генеральный секретарь имел с пакистанским лидером частную беседу, в ходе которой проинформировал его о «новой гибкой политике советской стороны и понимании необходимости быстрейшего разрешения кризиса». На встрече также обсуждался вопрос о целесообразности пребывания советских войск в Афганистане и перспективность участия Советского Союза в войне. В обмен на вывод войск от Пакистана требовалось отказаться от помощи мятежникам.
2 января ‒ в Мазари-Шарифе душманы похитили группу советских гражданских специалистов численностью в 16 человек. Освободить их удалось только через месяц, при этом шестеро из них погибло.
2 февраля ‒ бомбами объемного взрыва уничтожен кишлак Вахшак на севере Афганистана в отместку за захват заложников в Мазари-Шарифе.
28 марта ‒ встреча делегации ООН во главе с Хавьер Перес де Куэльяром и Диего Кордовесом с Ю. Андроповым. Он благодарит ООН за «понимание проблемы» и уверяет посредников в том, что готов предпринять «определенные шаги», но сомневается, что Пакистан и США поддержат предложение ООН, касающегося их невмешательства в конфликт.
Апрель ‒ операция по разгрому отрядов оппозиции в ущелье Ниджраб, провинция Каписа. Советские подразделения потеряли 14 человек убитыми и 63 ранеными.
19 мая ‒ советский посол в Пакистане В. Смирнов официально подтвердил стремление СССР и Афганистана «назначить сроки вывода контингента советских войск».
Июль ‒ наступление душманов на Хост. Попытка блокировать город не увенчалась успехом.
Август ‒ напряженная работа миссии Д. Кордовеса по подготовке соглашений по мирному урегулированию афганской проблемы почти завершена: разработана 8-месячная программа вывода войск из страны, однако после болезни Андропова вопрос о конфликте был снят с повестки дня заседаний Политбюро. Теперь речь шла только о «диалоге с ООН».
Зима ‒ боевые действия активизировались в районе Суруби и Джелалабадской долины (в сводках чаще всего упоминается провинция Лагман). Вооруженные отряды оппозиции впервые остаются на территории Афганистана на весь зимний период. Началось создание укрепрайонов и баз сопротивления непосредственно в стране.
16 января ‒ душманы сбили из ПЗРК «Стрела-2М» самолет Су-25. Это первый случай успешного применения ПЗРК в Афганистане
30 апреля ‒ в ходе крупной операции в Панджшерском ущелье попал в засаду и понес тяжелейшие потери 1-й батальон 682-го мотострелкового полка.