Человек среднего роста и «средней» же, ничем не выделявшейся внешности, с гладкими, зачесанными назад каштановыми волосами, с небольшой бородкой, всегда в дымчатых очках, «типичный русский интеллигент» и по привычкам, и по манерам, Зубатов был чужим человеком в мире «голубых» генералов и статских советников жандармского ведомства. В молодости, в бытность свою учеником одной из московских гимназий, он был связан с революционными кружками середины 1880-х г.г., но очень скоро «образумился» и, войдя в сношения с Охранным Отделением, начал, употребляя его собственное позднейшее выражение, подводить контр-конспирацию под конспирации революционеров, т. е., говоря прямее и проще, стал тайным агентом полиции. По его доносам был произведен ряд арестов.
Роль его раскрыта была довольно скоро, — тогда он открыто поступил на службу в Охранное Отделение. В деле полицейского розыска тогда царила полная рутина: малограмотные и мало интересующиеся своим делом чиновники работали по методам, которые они усвоили от своих предшественников. Способный, быстро схватывающий существо вопросов и быстро ориентирующийся в запутанной обстановке, владеющий пером и даром убеждающей речи, хороший организатор, а главное — человек интересующийся делом полицейского сыска и любящий его, Зубатов быстро выдвинулся из среды окружавших его бездарностей. Меньше чем через десять лет он стал начальником московского Охранного Отделения, в руках которого было сосредоточено дело политического розыска в доброй половине Империи. Энергично и смело он проводит ряд реформ технического характера: вводит фотографирование всех арестуемых, применяет дактилоскопию, разрабатывает и систематизирует дело наружного наблюдения, впервые в России создавая кадры хороших филеров. Он был тем, кто первый поднял в России технику полицейского сыска до того уровня, который был им достигнут в Западной Европе. Для русской политической полиции эти годы были годами настоящей «охранной реформации».
Но планы Зубатова шли значительно дальше, чем простое «уловление» революционеров. В годы, когда началось массовое рабочее движение, он вопрос о борьбе с революцией поставил, как вопрос политический. Основную опасность для самодержавия, поклонником которого он был, он видел в том, что революционерам удается привлекать на свою сторону широкие рабочие массы. Поскольку движение стало массовым, победить его одними мерами репрессий ему казалось невозможным. Стратегическая задача правительства в борьбе с революционным движением, по его мнению, должна была состоять в разделении сил противника, — во внесении раскола между революционной интеллигенцией, ставящей политические цели республиканского характера, и рабочими массами, идущими вместе с революционерами только потому, что последние содействуют их борьбе за улучшение материального положения. Соответственно этой оценке положения проводимая им политика была двусторонняя: с одной стороны, он выступал в качестве сторонника развития законодательства об охране труда, нередко поддерживая рабочих в их конфликтах с предпринимателями, если эти конфликты носили чисто экономический характер, и добивался разрешения рабочим создавать под покровительством полиции легальные общества для защиты своих чисто экономических интересов. И в тоже время, с другой стороны, он был рад нарастанию крайних революционных настроений в среде интеллигенции и даже, поскольку мог, содействовал развитию подобных настроений. «Мы вызовем вас на террор, — хвастливо заявлял он в минуты откровенности, — и раздавим». Этот план отличался полным непониманием механики социальных процессов, но он был очень смел, — в этом ему отказать нельзя: честолюбивый и властный, полный далеко идущих планов, Зубатов был крайне самонадеян, любил играть с огнем и очень скоро проиграл в этой игре.
В соответствии с этими задачами Зубатов большое внимание обращал на дело развития своей «внутренней агентуры» в революционных организациях. Эта область полицейской работы была его любимой областью. Позднее, находясь уже на покое, он говорил, что «агентурный вопрос», это — «святая святых» его воспоминаний: «для меня, — заявлял он, — сношения с агентурой — самое радостное и милое воспоминание». Он умел завербовывать подобных «агентов», — умел и руководить ими, охранять от «провалов», научать искусству пролезания на высшие ступени революционной иерархии.
Своим помощникам, — молодым жандармским офицерам и охранным чиновникам, которых он припускал к делу сношения с секретными агентами, — Зубатов внушал такое же отношение к этим последним. «Вы, господа, должны смотреть на сотрудника, как на любимую женщину, с которой находитесь в тайной связи. Берегите ее, как зеницу ока. Один неосторожный шаг и вы ее опозорите», — так наставлял Зубатов жандармскую молодежь.