Вопрос о последнем приобрел для Департамента исключительно большое значение. Из показаний Григорьева и Юрковской ему впервые стала ясна роль Гершуни. На докладе о следствии по делу Григорьева царь заявил, что «озолотит» того, кто произведет арест Гершуни. Плеве рвал и метал: вызвав к себе Зубатова, он заявил ему, что отныне карточка Гершуни будет стоять у него на столе до того момента, когда его арестуют, — как постоянное напоминание о важности этого дела. Фотографии и приметы Гершуни были разосланы по всем розыскным учреждениям. Был пущен слух, что за его голову дадут премию пятнадцать тысяч. Поиски велись по всей России, и в целом ряде мест производили аресты лиц, имевших несчастье быть похожими на Гершуни. А последнему все удавалось ускользать.
Естественно, что Зубатов наседал и на Азефа, требуя от последнего помощи в этом деле. Азеф имел полную возможность это сделать. Позднее он признался Бурцеву, что соглашался выдать Гершуни, но требовал за это 50 тыс. рублей, не меньше: обещание царя «озолотить» того, кто арестует Гершуни, он, очевидно, знал и предпочитал, чтобы «озолочен» был он сам, а не его начальство.
Едва ли может быть сомнение, что именно на этой почве развернулся конфликт между Азефом и его патроном — Зубатовым. Последний «открыто выразил Лопухину свои сомнения в допустимости» практикуемой Азефом системы умолчаний. Специально в целях воздействия на Азефа было устроено его свидание с Лопухиным, но и оно не помогло: на претензии Департамента Азеф отвечал контр-претензиями за недостаточно бережливое отношение к его сообщениям. Подводя итоги работе Азефа, Лопухин писал 1 марта 1903 года Ратаеву: «он был нам полезен, но меньше, чем могли ожидать, вследствие своей конспирации, — к тому же наделал много глупостей, — связался с мелочью, связи эти скрывал от нас, теперь эту мелочь берут, а та, того гляди, его провалит. Он теперь все время около провалов, ходит по дознаниям и не будь прокуратуры, с которой мы спелись, скандал давно произошел бы». Было решено откомандировать Азефа заграницу: «через неделю он вернется на старое пепелище», — прибавлял Лопухин в том же письме.
Эта неделя затянулась. Не сговорившись с Зубатовым об условиях выдачи Гершуни, Азеф поехал в Москву на свидание с последним. Свидание это состоялось приблизительно в конце марта на квартире инженера Зауера, знакомого Азефа еще по Дармштадту, который в это время занимал место помощника директора московской электрической станции общества 1886 г. Его квартирой Азеф пользовался для особо важных встреч. Свидание было обставлено очень конспиративно и, по-видимому, осталось совершенно неизвестным для полиции: Гершуни и Азеф прожили у Зауера в течении 3 дней, никуда не выходя из его кабинета. Именно во время этого свидания состоялась передача Азефу всех партийных связей, которые были в распоряжении Гершуни: последний назначил Азефа своим преемником по всем делам — и, прежде всего по делам Боевой Организации. Несомненно, во время этого же совещания было принято решение о покушении против уфимского губернатора Богдановича, по приказанию которого незадолго перед тем был произведен расстрел безоружных рабочих стачечников в Златоусте: по крайней мере несомненно, что непосредственно же после этого свидания, только с заездом в Орел для свидания с Брешковской, Гершуни выехал в Уфу.
К этому покушению Азеф был им привлечен в качестве ближайшего помощника: он должен был снестись с намеченными Гершуни террористами-исполнителями, которые жили где-то в Западном крае, и переправить их в Уфу. Азеф за поручение взялся и выполнил его точно, но помощь приезжих исполнителей оказалась ненужной: приехав в Уфу, Гершуни узнал, что местными социалистами-революционерами во главе с В. В. Леоновичем не только проведено необходимое предварительное наблюдение за Богдановичем, но и найдены исполнители, — местные — железнодорожный рабочий Дулебов и интеллигент «Апостол», настоящее имя которого в печати до сих пор не названо. Их план был санкционирован Гершуни и удачно приведен в исполнение: 19 мая 1903 г. около полудня к Богдановичу, по своему обыкновению прогуливавшемуся в укромном углу соборного сада, подошли два молодых человека и, вручив ему приговор Боевой Организации, буквально расстреляли его из браунингов, а затем перепрыгнули через низкую ограду сада и скрылись в лощинке, которая вела от расположенного на горе города к реке. Все поиски оказались безрезультатными. Было произведено много арестов, но никаких следов действительных исполнителей найти не удалось.