Генерал Госвин Никкельбыл вынужден в 1661 году передать управление генеральному викарию, то есть фактически был низложен, не только вследствие своего возраста, но и потому, что влиятельные члены ордена в Риме не могли перенести его властного характера. Генерал Тирс Гонзалес де Санталла, пытавшийся искоренить безнравственные моральные учения ордена, подвергся бы той же участи, если бы он не согласился вовремя пойти на уступки, которые противоречили его внутренним убеждениям. Таким образом, в глазах беспристрастных наблюдателей преемники Игнатия из абсолютных самодержцев превратились в орудие подозрительной олигархии. То, к чему стремилась испанская оппозиция при Аквавиве, полностью осуществилось в конце XVII века. Конституция ордена фактически изменилась, несмотря на все усилия формально не изменять статутов.
Это роковое развитие, незаметное для мира, было бы невозможно, если бы в ордене сохранилась первоначальная железная дисциплина. Но, подобно тому как иезуиты успели сделать недействительным обет бедности, они уже не признавали себя обязанными к безусловной субординации, к «повиновению трупа» по отношению к генералу, чего так решительно требовал Игнатий.
Если иезуиты плохо повиновались генералу, то еще менее они повиновались верховному командиру своей армии — папе. Во время столкновения Людовика XIV с Иннокентием XI французские иезуиты стали на сторону не курии, а короля. Когда французское духовенство решительно высказалось против учения о непогрешимости папы и его неограниченной власти над церковью, они отнюдь не выступали в защиту этих принципов, которые некогда защищал Ленец со всей силой своей железной логики, а, напротив, присоединились к противникам этих принципов и осмелились даже писать в защиту так называемых галликанских идей, так что в 1687 году в Риме пришлось сжечь рукой палача несколько иезуитских произведений.
Подобные проявления открытого неповиновения повторялись все чаше и чаше. Когда в 1705 году папский легат Турнон запретил китайским христианам культ предков и Конфуция, иезуитские миссионеры не только не подчинились, но стали вести против Турнона интриги, пока китайский император не изгнал его из Небесной империи. Они поступили точно так же, когда курия торжественно запретила в 1715 и 1735 годах так называемые «китайские обряды». В ордене нельзя было найти и следов той безграничной и величественной в своем роде самоотверженности, которая некогда заставила Игнатия посвятить себя и своих учеников служению папскому престолу. Орден повиновался теперь только тогда, когда повиновение соответствовало его интересам. Лишь только папа, как, например, серьезный и энергичный Иннокентий XI, осмеливался идти наперекор его намерениям, орден немедленно проявлял готовность начать борьбу с самим папой.
На другие церковные власти и на старые монашеские ордена иезуиты обращали еще меньше внимания, чем на курию. Они, казалось, приняли за правило не допускать никаких соперников. Когда они проникали в миссионерскую территорию, где до них проповедовали Евангелие другие ордены, они боролись со своими соперниками до тех пор, пока те не уступали им своего места. Там, где, как, например, в Китае, другие ордена позволяли себе вмешиваться в сферу их деятельности, иезуиты вступали даже в союз с языческими властями, чтобы избавить себя от этих смутьянов. Так же они поступали и с неугодными для них епископами. Не следует удивляться, что в значительной части церковных сфер, и особенно среди старых орденов, иезуиты возбуждали не только зависть, но также ненависть и отвращение.
Корыстолюбие и властолюбие, полное презрение к обетам и отказ от старых идеалов можно было бы еще перенести, если бы иезуиты значительностью своих услуг доказали, что церковь не может обойтись без них. Но с конца XVII века об этом уже не могло быть и речи. Действительные успехи орден делает только в области языческих миссий. Напротив, в других отраслях его деятельности проявляется печальный недостаток в талантах, и даже в иезуитских школах проявляется вызывающий беспокойство упадок.
В то время как в Западной и Центральной Европе в школьное дело всюду проникали новые идеи и новые идеалы, иезуитские школы упорно сохраняли учебные планы, составленные по Школьному указу 1599 года. Они не могли отказаться даже от старой пагубной системы беспрерывной смены учителей, не говоря уже о дурных педагогических приемах. Иезуитская школа не только не развивалась, она приходила в упадок. В XVIII веке невежество духовенства нигде не было так велико, как в тех странах, где учителями семинарий были иезуиты; нигде умственная деятельность не была так слаба, как в тех странах, где ордену принадлежала абсолютная монополия преподавания; нигде университеты не пали так низко, как там, где читали лекции представители ордена.