Но в Марангао подчиняться не захотели, и лишь в 1685 году португальцам удалось вернуть иезуитов. Но они теперь стали поступать благоразумно. Система Виейры, которая неизбежно привела бы к возникновению второго иезуитского государства на севере Бразилии, была оставлена. Иезуиты, конечно, могли проповедовать Евангелие, но они должны были допустить конкуренцию капуцинов, кармелитов, мерцедариев. Они нигде не получили неограниченной власти над деревнями миссии. Их тридцатилетняя война против плантаторов, несомненно, не закончилась поражением, как в штате Сан-Паулу, но привела только к половинчатой победе. Им удалось восстановить в Северной Бразилии 28 крупных миссионерских поселений, но организация их вовсе не отвечала идеалу. Правда, закон запрещал и в Бразилии вход всем белым в эти деревни. Но практически иезуиты не могли помешать купцам, искателям золота, плантаторам селиться в непосредственной близости с ними.
Они были также обязаны поставлять государству и плантаторам в течение шести месяцев в году за плату всех работоспособных индейцев. Таким образом, иезуиты не были в состоянии развивать и воспитывать индейцев в таком соответствии со своим идеалом, как в Парагвае, в области чикитосов и мохосов. Вина за это падала на португальское правительство. Оно интересовалось гораздо больше золотом и драгоценными камнями Бразилии, чем индейцами, и нисколько не желало рисковать своей слабой властью, чтобы разрешить с большой затратой денег и людей индейский вопрос в соответствии с идеями иезуитов.
Испанское правительство проявило в индейском вопросе гораздо больше сознательности, серьезности и энергии. У него иезуиты нашли истинное понимание своего миссионерского идеала. Лишь в обширной американской империи, подчиненной испанской короне, они смогли предпринять духовную конкисту так, как они ее понимали, не только не встречая со стороны правительства препятствий, но даже получая от него поддержку.
Первой испанской колонией, где иезуиты получили возможность обратить в христианство краснокожих язычников, было Перу. Поначалу они довольствовались, как некогда в Индии, поспешным обращением язычников и массовыми крещениями. Этот метод лишен был всякой перспективы, и генерал Аквавива впоследствии сурово критиковал его. Но значительное число крещений произвело на испанцев настолько сильное впечатление, что епископ Тукумана обратился одновременно и к провинциалу Перу, и к провинциалу Бразилии с просьбой прислать ему иезуитских миссионеров для обращения в христианство индейцев Гран-Чако. Оба провинциала охотно откликнулись на этот призыв. Провинциал Перу прислал в 1586 году трех иезуитов; провинциал Бразилии, знаменитый апостол гуаранисов Анчиета, немедленно прислал пятерых, среди них португальца Ортегу и шотландца Фильдса.
Перуанские иезуиты работали в испанских городах, лежащих внутри страны, и обращали омагов и диагитов Восточной Аргентины; Орте га и Фильдс в течение целого ряда лет объезжали огромные пространства лесов и прерий, лежащих вдоль берегов Параны-Панемы и Верхней Параны, и распространяли христианство среди гуаранисов, язык и нравы которых они успели основательно изучить в Бразилии. Эти воинственные людоеды принимали их так дружественно, что по истечении первого года своей миссии они смогли основать два миссионерских пункта и уведомить испанского губернатора Асунциона, что в Гуайре 200000 индейцев готовы принять христианство. Действительно, в течение последующих лет им удалось убедить тысячи гуаранисов принять крещение.
Но правительство ордена не дало себя ослепить этими блестящими внешними успехами. Оно напомнило в 1602 году иезуитам о незначительности результатов, достигнутых кочующей миссией в Перу, и потребовало, чтобы миссионеры собрали обращенных в постоянные поселения и занялись их духовным воспитанием. В то же время присланный генералом визитатор Паец предложил соединить всю территорию гуаранисов к востоку от Парагвая с территорией бразильских гуаранисов в один миссионерский округ. Это был весьма разумный план. Если бы он был принят, можно было бы избежать больших несчастий. Однако губернатор Асунциона выступил против этого плана. Он понял, что соединение обеих территорий неизбежно приведет к присоединению части территории страны, лежащей к востоку от Парагвая, к Бразилии, и, хотя Португалия и Испания были в это время соединены личной унией, его протест произвел в Мадриде и Риме настолько сильное впечатление, что генерал Аквавива приказал отложить этот план.