Соколлу Мехмед-паша с трудом сумел утихомирить войска в Белграде, где во время своей первой встречи с новым султаном они потребовали традиционного вознаграждения по случаю его вступления на престол. Он выдал небольшую сумму, достаточную для того, чтобы их успокоить, и пообещав позднее доплатить, поднял жалованье им, а также различным чиновникам и служащим, которые участвовали в походе. Возвращение домой проходило достаточно спокойно, но когда армия подошла к Стамбулу, взбунтовались янычары. Султан и его свита вошли в город через ворота Эдирне, в непосредственной близости от мечети, строительство которой финансировала сестра Селима, Михримах Султан, но когда они подошли к своей площадке для парадов, находившейся возле мечети Шехзаде, янычары отказались продолжать движение в сторону дворца Топкапы. Целый час они упорствовали, но затем все же двинулись в путь, а потом снова остановились, на этот раз перед банями султана Баязида II. Там один из визирей Селима и главный адмирал Пиале-паша сделали им замечание. Оба были сброшены с лошадей и из, казалось бы, тупиковой ситуации удалось выйти, раздав янычарам пригоршни золотых монет. Те из них, кто был назначен нести службу во дворце, продолжили движение, но оказавшись за его стенами, они сразу же закрыли перед султаном ворота. Разрешил этот кризис Соколлу Мехмед-паша, подсказавший Селиму, что единственный выход из этой потенциально опасной ситуации состоит в том, чтобы немедленно выплатить оставшуюся сумму вознаграждений по случаю вступления на престол.
Мятежи янычар случались и раньше, особенно в 40-е годы XV столетия, при султане Мехмеде II. Унижение Селима показало, что для благополучного восхождения на трон надо обладать не только исключительным правом престолонаследия, но еще и поддержкой янычар, а также других элитных подразделений армии. Теоретически, эти подразделения являлись слугами султана, однако в действительности он полностью зависел от их прихотей и без их поддержки не мог применять свою верховную власть. Для султанов Османской империи, как и для коронованных особ Европы, обеспечение преданности своих войск было необходимостью. Как это часто бывало в истории Османской империи, правление монарха, который лишался их преданности, заканчивалось низложением или убийством.
Подобно своим братьям, Селим получил подобающую принцу-воину подготовку и уже подвергался суровым испытаниям походной жизни. В возрасте двадцати лет, после кратковременного пребывания в Конье, он был направлен в Манису, где должен был заменить своего скончавшегося брата Мехмеда на посту принца-губернатора провинции Сарухан. Этот пост традиционно занимали фавориты, которым предстояло унаследовать трон. Селим оставался там до 1558 года, когда он вступил в конфликт со своим братом Баязидом. Тогда его направили в Конью. После победы над Баязидом в борьбе за престолонаследие Селим получил назначение в Кютахью, где он оставался вплоть до кончины своего отца. В 1548 году Сулейман продемонстрировал определенную степень доверия Селиму, оставив его в Стамбуле в качестве регента, пока сам он находился на Иранском фронте. В этом случае Селим, похоже, вполне оправдал оказанное ему доверие, хотя он и не проявил особого энтузиазма на этом новом для него поприще, возлагавшем ответственность за все государство. Помимо опасений, вызванных постоянной угрозой мятежа войск, он испытывал не меньшие опасения, связанные с тем, что в его отсутсвие в столице произойдет переворот. Став султаном, Селим уже никогда не выезжал из Стамбула дальше султанских охотничьих угодий в Эдирне.