В то самое время, когда османская армия сражалась и на востоке и на западе, члены курдского рода Канбулад, являвшиеся потомственными правителями северной Сирии, воспользовались случаем заявить о своей независимости. Чтобы объявить о своем суверенитете, Канбуладоглы Али-паша, который в 1606 году был назначен османским губернатором Алеппо, добился того, что на пятничной молитве стали упоминать его имя. Помимо этого, он, вероятно, стал чеканить и собственную монету. Канбуладоглы Али пользовался поддержкой антиправительственных мятежников в Малой Азии и, кроме того, ему оказывал содействие герцог Тосканский, Фердинанд I, оценивший коммерческое значение Алеппо как перевалочного пункта для иранского шелка и других товаров, которые пользовались спросом на европейских рынках, и надеявшийся вместе с Канбуладоглы Али извлечь пользу из удачно сложившихся обстоятельств. В 1607 году против Канбуладоглы Али была направлена большая армия во главе с великим визирем Куйюку («Копатель колодцев») Мурад-пашой. Пренебрегая протестами Канбуладоглы Али, заявлявшего о том, что он является верным слугой султана, Куйюку Мурад продолжал двигаться на юг, чтобы встретиться с мятежным губернатором в решающей битве. Канбуладоглы Али сумел спасти себе жизнь и впоследствии получил помилование и был назначен губернатором отдаленной венгерской провинции Темешвар. И все-таки Куйюку Мурад-паша сумел совершить свою месть. В 1610 году он казнил Канбуладоглы Али в Белграде.
Бывший союзник Канбуладоглы Али, вождь друзов Факр аль-Дин Маан контролировал большую часть района, включавшего в себя территории современного Ливана и северного Израиля, и был столь же честолюбив. В 1608 году Факр аль-Дин заключил договор с герцогом Тосканским, а в 1611 году преемник Куйюку Мурада на посту великого визиря, Насух-паша, собрал армию, чтобы сдержать его растущую мощь. В 1613 году Факр аль-Дин бежал в Тоскану, но через пять лет вернулся. К этому времени его брат Юунус уже достиг договоренности со своими османскими хозяевами. Вплоть до своей казни в 1635 году Факр аль-Дин с пренебрежением относился к центральному правительству в Стамбуле и расширял подконтрольные ему территории.
Центральному правительству Османской империи пришлось иметь дело и со многими менее крупными мятежами, направленными на подрыв его власти. Часто местом волнений становился Египет: после того, как 1589 году вспыхнул бунт недовольных губернатором Кара Ювейс-пашой, в 1598 году было совершено нападение на тогдашнего губернатора Египта, Шерифа Мехмед-пашу; в 1601 году войска ворвались в зал заседаний губернаторского совета и убили нескольких чиновников. В 1604 году был убит Хаки Ибрагим-паша, ставший первым губернатором Египта, закончившим свои дни таким образом. Стамбулу пришлось направить в провинцию третьего визиря, Хадима («Евнуха») Мехмед-пашу, который и положил конец имевшим место в те годы волнениям военных. За это он получил прозвище «Молот, сокрушивший войска». В европейских провинциях голод стал поводом для убийства губернатора Буды, совершенного в 1590 году, а в Северной Африке мятежами были охвачены Триполи и Тунис: если бы в 1592 году египетские войска не были направлены в Триполи, чтобы восстановить там порядок, Османская империя лишилась бы этой провинции, а губернатор Туниса был убит толпой, собравшейся вокруг человека, объявившего себя Махди.
Но все эти события, хотя и вызывали тревогу у центральной власти в момент, когда финансовые и людские ресурсы оказались до предела распылены, не шли ни в какое сравнение с теми мятежами, которые в те годы сотрясали Малую Азию. Известные как мятежи джелали, они были так названы по имени шейха Джелаля, который, как мы уже видели, в начале XVI века возглавил один мятеж. В официальных документах есть яркие описания одного из набегов мятежников джелали:
…несколько сотен всадников и мушкетеров в том числе [перечислены двадцать четыре имени] как бандиты вторглись в провинцию, отняли добро у бедняков, сожгли их дома, убили более 200 мужчин, увезли с собой мальчиков и девушек-девственниц, украли более 50 000 овец, коз, лошадей и здоровых верблюдов и забрали запасы ячменя, пшеницы, масла, меда и других ценных продуктов: тогда они захватили более 300 мужчин и пытали их днем и ночью.