На рубеже столетий был уничтожен один из самых густонаселенных еврейских районов Стамбула, на месте которого планировалось возвести храмовый комплекс валиде-султан Сафийе. Расположенный между портовыми сооружениями бухты Золотой Рог и базаром на возвышавшемся холме, он был торговым центром города, на территории которого Рустем-паша уже построил свою мечеть и лавки. Здание синагоги и многие из принадлежавших евреям домов были в принудительном порядке скуплены, чтобы предоставить место для храмового комплекса Сафийе. Это решение вызвало споры, а сам проект подвергся критике по причине своей дороговизны. Первый камень был заложен 20 августа 1598 года, и если бы работы продолжались, то в пределах Стамбула появилась бы первая построенная валиде-султан мечеть. Но строительство прекратилось, потому что в 1603 году умер Мехмед III, а вслед за ним в 1605 году скончалась Сафийе.[28]
В те годы давление испытали и те подданные империи, которые исповедовали греческое православие. В 1587 году они лишились церкви Паммакаристос в Стамбуле, которая стала резиденцией Патриархата вскоре после того, как османы захватили город. В ознаменование успехов, достигнутых во время войны с Ираном на Кавказе, эта церковь была перестроена и стала «Мечетью победы» (Фетийе Камии), а Патриархат переселился в церковь Св. Георгия, находившуюся в районе Фенер, на берегу бухты Золотой Рог. Там она стоит и сегодня. Губернаторам провинций, которые хотели, следуя этому примеру, преобразовать церкви в мечети, было запрещено это делать, но Коджа Синан-паша, построивший во благо мусульман множество таких общественных сооружений, как мечети, мосты, фонтаны и бани, в 1590–1591 гг., то есть в 999 году по исламскому календарю, предоставил товары и деньги, необходимые для создания благотворительного учреждения, и произвел переделки, необходимые для превращения церкви Святого Георгия Ротунда в Фессалониках в мечеть. В 1595 году в бывшей церкви еще оставалась нетронутой мозаика, поскольку именно тогда ее увидел венецианский посланник во время прогулки по городу.
Ко времени правления Мурада III в султанской библиотеке все еще хранилось более сотни греческих манускриптов. В Стамбуле греческие манускрипты без труда могли купить такие визитеры, как посол Фердинанда 1 барон Огиер Гизелин де Бусбек, который в середине XVI века жил в этом городе. В годы правления Селима II греческий ученый Иоанн Малаксос, переехавший в Стамбул вскоре после того, как в 1540 году турки захватили его родной Нафллион, каталогизировал восемь частных библиотек и обнаружил приблизительно 555 греческих манускриптов. Их последующая судьба неизвестна, но ясно, что в последние годы XVI столетия резко пошел на убыль тот интерес, который турки проявляли к своему византийскому наследию.
Ахмед I произвел капитальный ремонт Айя Софии, в которой все еще можно было увидеть мозаики, изображавшие нескольких библейских персонажей. В ходе ремонта, руководствуясь нормами Корана, он закрыл многие из мозаик. С точки зрения ислама, изображение на внутренней части купола Пантократора, то есть Христа Вседержителя, считалось абсолютно недопустимым, зато статус Марии в исламской иконографии был почитаем, поэтому Дева и Младенец, изображенные на апсиде здания, остались нетронутыми. Смысл этого иконоборческого порыва состоял в том, что султан пытался найти для себя новую роль, соответствующую новым временам.
Ни Селим II, ни Мурад III, ни Мехмед III не построили в Стамбуле имперской мечети. Селим построил такую мечеть в Эдирне, Мурад в Манисе, где он был принцем-губернатором, а Мехмед вообще не строил мечетей. Каждый из них был погребен в собственном мавзолее. Все три мавзолея находились в окружавшем Айя Софию саду. Всегда проявлявший нерешительность, султан Ахмед I, вероятно, так и не смог пойти по стопам своего отца и стать военачальником, зато, следуя примеру своих прославленных ратными делами предков, он построил в Стамбуле монументальный храмовый комплекс. После него до середины XVIII столетия ни один султан ничего подобного не построил. Работы начались в 1609 году, но были люди, которые выступали против этого проекта, указывая на то, что он неуместен, поскольку имперские мечети следует возводить на средства, добытые в результате завоеваний. Это возражение подкреплялось ссылками на то, как возводились подобные храмовые комплексы в прошлом. Мустафа Али из Гелиболу считал, что такая расточительность противоречит нормам духовного права. Во времена серьезных финансовых затруднений, когда внутренние и внешние войны опустошали имперскую казну, этот проект не мог не вызвать возражений.