Слияние позволило КПЕ использовать в качестве надежного фундамента присутствие ООС в Фессалониках и переориентировать эту организацию на решение новых задач, а также убедить ее в необходимости как можно быстрее сместить Абдул-Хамида и восстановить конституционное правительство. Обновленный КПЕ составил свои нормативные документы, взяв в качестве образцов положения, которыми руководствовались активисты-дашнаки и члены Внутренней македонской революционной организации (ВМРО), основанной в Фессалониках в 1893 году. Целью этой организации было создание Македонского государства на пространстве, включавшем в себя территории многонациональных османских провинций Косово, Монастир и Фессалоники. Это южнобалканское государство должно было простираться от Албании до Фракии. В 1895 году внутри ВМРО появилась раскольническая фракция, выступавшая за освобождение Македонии от турок и превращение ее в часть объединенной Великой Болгарии. В это же время граничившие с Македонией недавно созданные государства Болгария, Сербия и Греция, выдвинули неприемлемые территориальные претензии, которые ВМРО пыталась опровергать. Борьба, которую вели эти соседние государства за то, чтобы утвердить свои права на Македонию, сначала носила религиозный и культурологический характер и велась в первую очередь институтами, которые могли сплотить сторонников той или иной конфессии. Болгарский экзархат был создан в 1870 году, а интересы греков поддерживал патриарх в Стамбуле. Сербия, находившаяся в худшем положении, все же добилась формальной конфессиональной независимости от патриарха, когдав 1902 году учредила епархию Скопье. Энергичное пропагандистское соперничество с целью добиться преданности христиан этих османских провинций стало причиной серьезного беспокойства правительства Абдул-Хамида, которое понимало, что вскоре последует вмешательство великих держав.
Тем временем КПЕ становился подлинно революционной организацией, которая вербовала людей, готовых пожертвовать собой ради идеи, поощряла политические убийства и санкционировала ликвидацию любого, кого она считала «источником опасности». Но в ней проводились довольно забавные ритуалы: тем, кого принимали в ее ряды, завязывали глаза, одну руку кандидат должен был положить на священную для исповедуемой им религии книгу, а другую на кинжал, или револьвер, или османский флаг. Кроме того, у КПЕ был свой герб, который один из самых современных исследователей этой организации описывал следующим образом:
Наверху покоится конституция в виде книги под сияющим солнцем. Знамена с надписями «перо» и «оружие» свисают с дротиков, обрамляя правую и левую сторону соответственно. Снизу каждый дротик опирается на пушку. В отличие от пушки на османском имперском гербе эта пара пушек палила, символизируя идеологический динамизм. В центре изображен большой перевернутый полумесяц с надписью «братство, свобода, равенство». Над центральной частью полумесяца — слово «справедливость». Ниже полумесяца извивается лента с красочной надписью «Османский комитет прогресса и единства», а в самой нижней части герба, ниже ленты, две пожимающие друг друга руки символизируют взаимопонимание народов Османской империи.
Опыт ведения партизанских действий, которым обладала ВМРО, лег в основу тактики ударных отрядов, сформированных из входивших в КПЕ офицеров, в то же самое время партизанские группы из мусульман были организованы в тех районах Македонии, где уже действовали отряды противников ВМРО. Эти партизанские группы предложили свою помощь КПЕ ради того, чтобы спасти оставшиеся европейские провинции империи от дальнейшего расчленения. После слияния двух организаций КПЕ за год с небольшим удалось открыть свои отделения в более чем 75 балканских городах и в самом Стамбуле, хотя в Анатолии успехи оказались скромнее. Обновленный КПЕ считал революционные преобразования невозможными без участия в них армии, на которую он возлагал все свои надежды. Комитет тщательно разрабатывал агитационную деятельность и особое внимание уделял пропаганде среди войск, которые несли службу на западном побережье Анатолии, поскольку именно эти подразделения должны были использоваться для подавления революции.