Опасаясь того, что Баязид может привлечь на помощь Иран, Сулейман стремился получить фетву (правовую оценку), которая давала законную возможность убить сына, и приказал губернаторам малоазиатских провинций мобилизовать свои войска и оказать поддержку Селиму. Он обещал значительное повышение жалования и быстрое продвижение по службе любому, кто будет завербован в армию. Армии противоборствующих сторон сошлись неподалеку от Коньи, причем войска Селима имели численное превосходство и были лучше вооружены. На второй день Баязид бежал с поля битвы в направлении Амасьи, где он еще мог рассчитывать на поддержку.
Несмотря на мирный договор, заключенный с султаном в 1555 году, шах Тахмасп предложил ему убежище в Иране. Услышав об этом, Сулейман направил губернаторам пограничных провинций приказ взять Баязида под стражу, но чтобы добиться от них сотрудничества, ему снова пришлось использовать побуждающий стимул. В июле 1559 года Баязид и четыре его сына бежали на восток, в Иран. До последнего он надеялся получить прощение, но Сулейман остался равнодушен к его мольбам. В отчаянии Баязид обратился к великому визирю Рустем-паше:
Именем Всевышнего великого и милостивого, клянусь, что я с самого начала взял на себя обязательства и присягнул Его Превосходительству, прославленному и удачливому падишаху, который является защитником государства, что я не буду поднимать мятежей, оказывать противодействие, причинять вред и разорение его государству; я уже раскаялся и от всего своего сердца попросил у Всевышнего прощения, признавая свое преступление, совершенное в приступе злобной ярости; я неоднократно направлял покаянные письма, в которых просил прощения и благоволения, а потом брал на себя обязательство и давал клятву не противиться благородной воле.
Предоставление убежища Баязиду при дворе Тахмаспа казалось шаху подходящим способом отомстить Сулейману за то, что в 1547 году он использовал против него брата, Алкаса Мирзу. Селим принимал непосредственное участие в попытках вернуть Баязида, и в течение следующих трех лет семь османских делегаций совершили поездки ко двору Сафавидов, чтобы убедить Тахмаспа отказаться от принца. В 1562 году он наконец уступил, согласившись обменять Баязида и его сыновей на большое количество золотых монет и роскошных подарков, из которых великолепно украшенные клинок, кинжал и пояс, а также гнедая лошадь и пять арабских жеребцов ему должны были вручить после того, как Селим получит известие о том, что Баязид и его сыновья переданы под опеку его посланников. Но прежде чем это случилось, они были убиты в столице Тахмаспа, Казвине, доверенным лицом Селима, и посланникам были переданы их тела. В отличие от старшего брата Мехмеда, которому хотя бы после смерти была оказана благосклонность, мятежник Баязид и его сыновья были похоронены за стенами провинциального малоазиатского города Сивас.
Достигнутое благодаря Амасийскому договору 1555 года равновесие в отношениях между Османской империей и Сафавидами продолжалось до 1578 года, и даже предложение шаха Тахмаспа предоставить убежище принцу Баязиду не смогло его нарушить. Турки могли урегулировать свои отношения с иностранными державами, заключая с ними договоры, но у себя дома они никогда не могли полностью искоренить недовольство и беспорядки, будь то волнения на религиозной почве или волнения, вызванные другими причинами.