Заявленные в указе 1856 года обещания в отношении свободы вероисповедания для всех подданных Османской империи включали в себя утверждение о том, «что никого не будут принуждать к переходу в другую религию». В отличие от христианства с его разнообразными формами, ислам редко выходил за рамки традиционного для него способа обращения в свою веру, и турки всегда относились к этому с пониманием. Некоторые приписывали это тому факту, что до реформ
Одним из результатов указа 1856 года было то, что в империи активизировали свою деятельность христианские миссионеры. Право всех конфессиональных групп открывать собственные школы стало опасным оружием в руках посланцев западных церквей — католической и протестантской, и вызывало беспокойство как у православных христиан империи, так и у мусульман. Обращение в католичество османских православных (греческого, армянского или сирийского обрядов) давно было причиной для беспокойства, что подтверждают неоднократно встречавшиеся в имперских указах начала XVIII столетия упоминания об «отклонении» православных армян от своих традиционных обрядов. В 40-е годы XIX столетия негативная, антипротестантская реакция балканских православных привела к тому, что протестантам пришлось сосредоточить свои усилия на восточных провинциях, где их активность и почти нескрываемая ими убежденность в своем врожденном превосходстве над восточными церквями (миссионеры пытались познакомить с «более возвышенным и совершенным христианством») в течение нескольких лет крайне досаждали армянским патриархам. Их деятельность вызывала беспокойство и у османских властей, поскольку после 1856 года миссионеры не стеснялись обращать в свою веру не только других христиан, но даже мусульман, и видели в каждом возражении со стороны своих османских хозяев нарушение обязательств, данных в Указе о реформе. После обнародования Указа Гюльхане в 1839 году стало приходить осознание того, что мусульмане могут перейти в христианство, а после 1856 года эта возможность стала реальностью: столкнувшись с потенциальной опасностью того, что христианство заберет себе души живых мусульман и они будут навсегда потеряны, как души тех мусульман, которые погибли защищая империю, правительство было вынуждено отказаться от своего прежнего прагматизма и «взять курс» на то, чтобы обращение в другую веру не разрешалось. Более того, многие обращенные в христианство мусульмане пытались найти покровительство той или иной иностранной державы. Несмотря на то, что великие державы пытались оказывать давление на султана, назойливо добиваясь от него предоставления официальных уведомлений о каждом случае обращения в другую веру, турки сохранили достоинство и право на суверенитет в своих владениях с помощью введения процедур, которым должны были следовать те, кто переходил в ислам, а когда возникали сомнения относительно того, является ли этот акт добровольным или он совершен по принуждению, власти руководствовались практическими соображениями. В тех случаях, когда люди переходили из ислама в христианство, их могли арестовать и подвергнуть наказанию. Во всех случаях обращения в ислам и отступничества от него позиция турок состояла в том, что это их заботы, которые не касаются посторонних.