Благодаря тому значению, которое младотурки придавали исламской идеологии, высшее духовенство, влияние которого несколько уменьшилось, возвращалось на свое выдающееся место. В начале столетия высокопоставленные священнослужители были сторонниками реформ Селима III, а в 1826 году позволили Махмуду II опереться на них во время кампании по подавлению янычар и в процессе формировании его новой армии. Однако в том же году религиозные фонды, которые предоставляли средства на содержание высшего духовенства, были объединены под эгидой нового министерства, затем, в последний период правления Махмуда, произошла дальнейшая бюрократизация, в том числе и учреждение в 1837 году отдельного ведомства шейх-уль-ислама, что ограничило сферу деятельности этого чиновника вопросами, имеющими религиозную составляющую. Кроме того, действие введенных в ходе столетия кодексов (например, уголовного кодекса 1840 года и торгового кодекса 1850 года и в особенности гражданского кодекса, подготовка к введению которого началась в 1868 году) должно было ограничить случаи применения исламского закона к семейным делам, делам о наследовании и о браке. Что касается образования, которое также являлось традиционной сферой монополии высшего духовенства, то альтернативой богословским школам сначала стали учрежденные в XVIII столетии профессиональные школы технической направленности, предназначенные для обеспечения армии и флота подготовленным личным составом. В ходе XIX столетия увеличивалось количество таких школ и расширялся диапазон их специализаций. Будущих чиновников выпускала основанная в 1859 году школа государственных служб, в которой проходили совместное обучение мусульмане и немусульмане, а также лицей Галатасарай (в котором также было совместное обучение) основанный в 1868 году на месте школы, в которой начиная с XVI века готовили пажей для дворца.
Но в этих учреждениях образование получали немногие: первоначально массовое образование не входило в намерения творцов реформ танзимат.
Лишь незначительное число простолюдинов воспользовалось возможностью получить образование в тех немногих школах, которые были открыты после 1839 года для того, чтобы заполнить годы между окончанием начальной школы и поступлением в профессиональные школы, но только в 1869 году была принята программа общего образования, целью которой было «превращение [подданных] в граждан». Принятые в 1869 году положения в полной мере удалось применить только после того, как в 1876 году на престол вступил Абдул-Хамид II, введя систему начального, среднего и последующего образования, и казалось, что она еще больше ограничит функции духовенства. Тем не менее нехватка квалифицированных специалистов, способных осуществить реформы танзимат, и тот факт, что лишь немногие реформы непосредственно касались высшего духовенства, означали, что священнослужители продолжали удерживать узаконенные посты на всех уровнях и были способны сохранить свое положение наставников в традиционной системе образования. Но для них нашлось место и в параллельной, модернизированной системе обучения, где они преподавали такие дисциплины, как религия, право, а также арабский и турецкий языки. До тех пор пока священнослужители сохраняли свое присутствие в системе государственного управления и реформы не выходили за рамки ислама, духовенство было готово принять участие в процессе модернизации. К тому же в XIX столетии противников реформ оказалось намного меньше, чем их было в прежние столетия, когда гораздо менее значительные новшества вызывали сомнения.Работа над новым гражданским кодексом продолжались в течение нескольких лет. Его создатель, интеллектуал, государственный деятель и историк Ахмед Кевдет-паша был священнослужителем высокого ранга и в то же самое время являлся творцом реформ танзимат.
Он был готов подняться на вершину духовной карьеры и стать шейх-уль-исламом, но соперники не позволили ему занять этот пост. В 1866 году, когда Ахмеду Кевдет-паше было уже за сорок, ему пришлось перейти на бюрократическую службу, где большой опыт в области исламского права и культуры стал той прочной основой, которая позволила ему внести свой вклад в дело переустройства системы государственного управления. В его понимании реформа являлась процессом, который позволяет перенести на исламскую почву западные научно-технические концепции. Это была цель, вдохновлявшая реформаторов в прошлом (отличие XIX века состояло в том, что теперь необходимость целенаправленных изменений признавали многие представители правящих кругов). В своей во многом консервативной программе Ахмед Кевдет давал рекомендации тем, кто видел опасность в необдуманном копировании западных образцов. Но оставалась проблема: насколько широкой должна быть вестернизация, и какой она должна быть?