В конце 1780 г. в Москве была организована ложа «Гармония», положившая начало разработке теоретических, мировоззренческих проблем масонства. Она была единственной ложей розенкрейцерства. В нее входили кн. Н. Н. Трубецкой, Н. И. Новиков, М. М. Херасков, И. П. Тургенев, А. М. Кутузов, И. Г. Шварц, кн. А. А. Черкасский, кн. П. Н. Энгалычев. На 1780-е гг. приходится пик активности русского масонства XVIII в. В 1778 г. в Митаве Шварц получил звание Верховного представителя теоретической системы соломоновских наук во всем императорско-российском государстве и его землях. В 1781 г. состоялся Вильгельбадский генеральный конвент масонов, на котором Россия была признана восьмой самостоятельной и свободной провинцией масонского мира.
Приобретя независимость, русские масоны сохранили связь с берлинским розенкрейцерством, организовав в Москве свою тайную организацию Розы и Креста во главе со Шварцем. В нее входили, кроме князей Трубецких, Черкасского, Энгалычева, братья Новиковы, Херасков, Гамалея, Лопухин и др. Эта организация в рамках Дружеского ученого общества, созданного в 1779 г., взяла под контроль три типографии и начала печатать и распространять книги масонского содержания, в том числе «О заблуждении и истине» Сен-Мартена и наиболее известных его европейских последователей. За время своего существования это Типографическое общество издало почти треть печатной продукции России.
Издательская и благотворительная деятельность московских мартинистов привлекла внимание правительственных кругов. Екатерину II пугало влияние масонов на наследника – Павла Петровича. Она отрицала мистику и аскетизм масонов, а главное, в масонской идеологии не нашлось места ей – российской императрице. По ее приказу началась проверка частных школ и типографий, находящихся под опекой масонов, а архиепископу Платону было поручено рассмотреть книги, напечатанные Н. Новиковым, а его самого «испытать» в Законе Божием.
Опасаясь дальнейших репрессивных мер, русские розенкрейцеры в 1784 г. объявили молчание, т. е. прекратили свою деятельность, хотя их печатный орган («Магазин свободнокаменщецкий») свое существование не прекращал. Русские розенкрейцеры заявляли о своем неприятии политического вольнодумства, что хорошо демонстрирует их отношение к Радищеву и его книге «Путешествие из Петербурга в Москву». Хотя эту книгу автор посвятил своему другу розенкрейцеру Кутузову (в посвящении он писал: «хотя мнения мои о многих вещах различествуют с твоими, но сердце твое бьет моему согласно и ты – мой друг!»), розенкрейцеры отрицательно оценили книгу Радищева, о чем говорят, например, письма Кутузова к кн. Трубецкому. В них он писал: «б о´льшую часть его положений касательно религии и государственного правления нашел я совершенно противоположною моей системе»; «известно вам, что я великий враг всякого возмущения и что я никогда не престану твердить, что критика настоящего правления есть не дозволительное дело и ни мало не принадлежит в литературе»259
.Хотя прочных улик об антиправительственной деятельности масонов у Екатерины II не было, она под различными предлогами уволила с государственной службы и выслала из Петербурга масонов В. И. Баженова, И. П. Елагина, Д. Г. Левицкого, Н. В. Репнина. В 1792 г. по ее приказу новиковские типографии были закрыты, а самого Н. Новикова без суда посадили в Шлиссельбургскую крепость, Трубецкого и Тургенева сослали в их имения, а Лопухина оставили в Москве под надзором полиции. После восшествия на престол Павла I масоны были прощены, однако в 1799 г. деятельность масонских лож в России была запрещена.