Тем не менее папа Иннокентий Х протестовал против окончания Тридцатилетней войны и резко порицал Вестфальский мир (1648 г.), признававший свободу протестантов в Германии и предоставивший им ряд епископств. Иннокентий Х не хотел мириться с тем, что кальвинистский Пфальц был признан курфюршеством и что отныне курфюршестская коллегия будет насчитывать восемь голосов. Булла «Zeius domus Dei», направленная против Вестфальского мира, ставила принципиальный вопрос о незаконности изменения числа курфюрстов без папского согласия и объявляла всякие «мирные договоры, касающиеся одновременно многих государств» недействительными без санкции Рима. Булла была так резка, что ее не решались опубликовать даже немецкие духовные курфюрсты, не говоря уже об императоре Фердинанде III. Немало скомпрометировал себя Иннокентий Х во время восстания неаполитанцев под предводительством Мазаньелло. Тяжелое иго Испании с давних пор давило Неаполь, где в 1647 г. вспыхнуло широкое народное восстание, носившее характер национально-освободительного Движения. Испания требовала, чтобы папа пустил в ход инквизицию и иные драконовские меры против повстанцев. Но французское правительство указывало, что, поскольку папа считается сувереном Неаполя, он должен использовать сложившуюся обстановку для поддержания своих прав на Неаполь и для его освобождения от испанского ярма. Иннокентий Х не знал, какой ему держаться ориентации и представлял собой «растерявшегося повелителя вселенной». Из этого положения он вышел благодаря победе Испании, кровавым образом расправившейся со сторонниками Мазаньелло.
В церковных вопросах имя Иннокентия Х связано с осуждением янсенистов. Основателем янсенизма был лувенский профессор Корнелий Янсений (1585–1638), воспитанник иезуитов, готовившийся вступить в иезуитский орден. Под влиянием усиливавшихся в образованных слоях общества идей, отрицавших свободу воли человека и говоривших о предопределении, Янсений ознакомился с проклятым папами Пием V и Григорием XIII учением лувенского профессора Михаила Байуса (Baius, 1513–1589) и на основании изучения Августина сам стал отрицать свободу воли и защищать идею предопределения. В специальном исследовании «Августин» Янсений доказывал, что человеческая природа порочна, что не существует свободы воли и что спасутся лишь те, которые предопределены к спасению. Иезуиты немедленно открыли атаку на книгу Янсения (он умер до ее выхода в свет), и папа Климент VIII в особой булле запретил ее чтение. Ярость иезуитов и озлобление папы объяснялись тем, что основные положения янсенизма в туманной форме защищали необходимость углубленной индивидуальной религиозности и отвергали возможность «спасения» человека путем «добрых дел». Такое утверждение в конечном счете исключало посредничество церкви и открывало верующему возможность примирения с новыми веяниями в науке, философии и литературе. Это сближало янсенистов с кальвинистами, и они вызвали против себя особую ненависть иезуитов и других орденов, являвшихся главной опорой Рима. С другой стороны, янсенисты встречали живое сочувствие в лагере борцов против абсолютизма — как политического, так в особенности религиозного и умственного. Особенно много сторонников янсенизма насчитывала Франция, где учившийся в Лувене у Янсения аббат Жан Дювержье де Оранн (1581–1643) организовал в Париже кружок янсенистов, энергично выступавших против абсолютизма Версаля и Рима. Дювержье был в 1638 г. арестован кардиналом Ришелье; кружок, однако, не только не распался, но развил кипучую деятельность под руководством Антуана Арно, выдающегося профессора Сорбонны. За свою деятельность Арно был лишен докторского звания и изгнан из коллегии сорбоннских профессоров. Вслед за Арно такой же участи подверглось еще 80 человек. Это дало повод знаменитому французскому писателю Блэзу Паскалю, другу ряда янсенистов, опубликовать первое письмо своих известных «Провинциальных писем», явившихся убийственным памфлетом против иезуитов. «Письма» были сожжены под тем предлогом, что в них содержалось много оскорбительного по адресу «науки, церкви и папы».
Недовольство церкви вызывала, главным образом, агитационная деятельность янсенистского монастыря Пор-Рояль (в Париже), направленная против иезуитов. В этом монастыре была организована школа, в нее семьи буржуазной интеллигенции направляли своих детей, из которых многие впоследствии стали выдающимися борцами против церковного и политического деспотизма. Папские проклятия по адресу пор-роялистов, чередовавшиеся с правительственными гонениями, немало способствовали тому, что янсенизм принимал все более резко выраженный политический характер: янсенистами становились не потому, что не по-иезуитски толковали «благодать» или отвергали другие ультрамонтанские взгляды, а потому, что ненавидели режим французского короля Людовика XIV.