Идея единой германской церкви пугала партикуляристское, феодальное дворянство, к которому примкнула и часть буржуазии. Мелкие и средние германские государства дорожили своей независимостью и в единой германской церкви видели удар по своей самостоятельности, тем более что сочувствие Австрии было на стороне Вессенберга. Австрия исходила из того, что руководство единой католической церковью Германии неизбежно будет австрийским, и этого было достаточно, чтобы в бундестаге план. Вессенберга встретил отпор со стороны лиц, стоявших на страже независимости отдельных государств Германии. Так Вессенберг был осужден и Римом и светской властью многочисленных германских государств.
Политическая борьба внутри церкви в Германии способствовала и расколу католического духовенства в области догматики. Георг Гермес (1775–1831) под влиянием Канта пытался доказать истинность христианства и обосновать разумом существование бога и возможность «откровения». Его сочинения на первых порах встретили живой отклик среди интеллигенции. Теологический факультет в Бонне, опираясь на авторитет архиепископа Шпигеля, рекламировал имя Гермеса и читавшийся им в Бонне курс католической догматики. Однако Рим нашел опасным «внедрение идей Канта» в догматику. Уже после смерти Гермеса папа Григорий XVI в 1835 г. осудил его сочинения, а прусское правительство потребовало от «гермесианцев» беспрекословного повиновения папскому бреве.
Существование в Германии протестантизма толкало отдельных представителей католицизма не замыкаться в прогнившей скорлупе папизма. «Старая тюбингенская школа», руководимая Гиршером и Штауденмайером, а в особенности мюнхенский богословский кружок с Игнатием Деллингером во главе детально изучали протестантизм и не всегда слепо во всем повиновались ультрамонтанским директивам. Мюнхенцы доказывали необходимость «национальной католической церкви», предсказывали возможность падения папского государства, анонимно порицая причисление Пием IX в 1867 г. к лику святых испанского инквизитора Педро Арбуэса (1442–1485), как и требование этого папы провозглашения догмата о папской непогрешимости. Так в недрах германского католицизма складывалась старокатолическая церковь, протестовавшая против новых якобы тенденций и притязаний Рима.
В Швейцарии благодаря иммиграции католиков и благотворительно-миссионерской работе католицизм в первой трети XIX в. заметно усилился. Образовались новые епископские центры, а в 1841 г. Люцерн внес в свою конституцию изменения в ультрамонтанском духе. Кантон Ааргау и некоторые другие ответили контрмероприятиями. Когда в Валлисе некатоликам было запрещено публичное отправление богослужения, а протестантские кантоны подняли вопрос об изгнании иезуитов, сильно упрочившихся в Люцерне и Фрейбурге, то борьба приняла по всей Швейцарии крайне острый характер. Семь кантонов объединились в 1843 г. в особый союз («Sonderbund»), который своей антипротестантской деятельностью побудил федеральный сейм признать этот союз несовместимым с конституцией. Сейм издал постановление об изгнании иезуитов из Швейцарии, на это семь кантонов ответили мятежом, перешедшим в войну. Мятежники располагали армией в 80 тыс. человек, против которых сейм двинул 100 тыс. солдат. «Sonderbund» в 1847 г. был разбит. Католический сепаратизм был раздавлен, несмотря на помощь, оказанную ему Австрией, Пруссией и Францией. По новой конституции 1848 г. в Швейцарии была объявлена свобода и равенство всех вероисповеданий; иезуиты были изгнаны из страны. Это не помешало тому, что во второй половине XIX в. страна покрылась густой сетью католических организаций, которым удалось вследствие ненависти кальвинистской аристократии и части средней буржуазии к социализму занять очень прочное политическое положение в Швейцарии.