Еще ранее доминиканского ордена был создан и другой орден, получивший название францисканского, по имени его организатора Франциска Ассизского (1182–1226). Осуждая в своих «Правилах жизни» деньги, торговлю и всякие материальные блага, Франциск проповедовал добровольную нищету и потому на первых порах встречал недоброжелательное к себе отношение со стороны многих представителей духовенства. Так, бенедиктинский монах-летописец Матвей Парижский говорил по адресу Франциска: «Проповедуй твои „Правила“ свиньям; людям они не нужны». Матвей называл Франциска «божьим дурачком». Однако Иннокентий III, понимая, какой популярностью среди бедняков пользуется проповедь нищеты, не отвернулся от Франциска и решил поставить его деятельность под папский контроль. Под предлогом, что «апостольский образ жизни» нуждается в «приличном ему платье», Иннокентий III одобрил мысль о создании специального ордена и поручил кардиналу Гуго (будущему Григорию IX) выработать для него устав. «Правила жизни», составленные Франциском, были смягчены: обладание имуществом принципиально больше уже не отвергалось; дом, в котором поселялись францисканцы, объявлялся собственностью церкви, но предоставлялся в постоянное пользование членам ордена. Финансовые сделки, совершавшиеся организациями ордена, оформлялись не от имени францисканцев, а как бы от имени жертвователей, в дальнейшем отказывавшихся в пользу ордена от результатов этих сделок. Эти оговорки привели к тому, что вскоре францисканцы стали во многом напоминать доминиканцев. Отказываясь формально от мира и его благ, они «в интересах лучшей пропаганды своего учения» оставались жить в этом «полном греховности и соблазна мире». Францисканцы появились в таких богатых городах, как Аугсбург, Регенсбург, Зальцбург; завели там свои церкви, кафедры, дома; вербовали последователей среди светских людей и стремились быть ближе к народным массам, чтобы легче на них влиять, эксплуатируя религиозное суеверие. Они распространились в Англии, Франции, Испании и других странах.
Идеализация Франциском Ассизским нищеты преследовала цель успокоения той массы недовольных бедняков, которые в основном были участниками еретических движений. Чем шире разливалось море ересей, тем упорнее искала церковь средства борьбы с ними, и если меч и огонь были наиболее излюбленными ее орудиями, то это не исключало иные методы лечения «страшной еретической язвы», действительной причиной которой было прежде всего тяжелое материальное положение крестьян и деклассированных городских элементов средневекового общества. Франциск Ассизский выдвинул свой способ лечения этой «язвы» — возвращение к идеалам ранней церкви, еще не располагавшей никаким имуществом. Францисканский метод тем больше казался удачным, что он имел характер той «первоначальной, истинно христианской церкви», о восстановлении которой так упорно ратовали еретики. Раздавая милостыню нищим и убогим, что в эпоху натурального хозяйства с его небольшими торговыми оборотами мало отражалось на имущественном положении церкви, францисканцы за это подаяние приобретали популярность в народе и местами успешно боролись с еретиками и с выступлениями против жадности, корысти и сребролюбия духовенства. Папа Григорий IX оценил эту сторону проповеди францисканцев, в 1228 г. канонизировал незадолго до того умершего Франциска и умело использовал орден в интересах Рима. Однако, подобно Иннокентию III, он отрицательно относился к требованию сурового соблюдения идеала нищенства и всячески смягчал его, диктуя ордену вносить новые поправки в устав, и без того смягченный при Иннокентии III.
Периодические изменения этого устава вызывали внутри ордена крупные разногласия. Снова и снова приспособленцы брали верх над странниками с нищенской сумой. Когда генералом ордена стал Илья Кортонский, ревнители строгого соблюдения заветов Франциска даже подвергались преследованиям. Так, Антония Падуанского, впоследствии ставшего одним из самых популярных «святых», бичевали до крови и заковали в цепи; точно так же за «кривое» истолкование учения Франциска был посажен на два года в тюрьму член ордена некий Цезарь.
Преследование блюстителей строгого идеала нищенства, так называемых спиритуалов, приняло массовый характер; обвиняли их в том, что они исповедуют «ересь» Иоахима Флорского, осужденную еще в 1215 г. IV Латеранским собором. Идеалы «нищенствующего» монашества были очень выгодны для целей пропаганды, для одурманивания трудящихся, и церковь открыто не выступала против них. Однако она отнюдь не была заинтересована в осуществлении на практике францисканских заповедей. Они должны были служить лишь удобной ширмой для прикрытия алчности церкви, эксплуатации духовенством во главе с папством широких масс населения.