Влияние иезуитов резко сказалось на возобновившейся в 1562 г.. деятельности Тридентского собора. Собор этот провозглашал принцип всемогущества папской власти. От попыток "реформировать" церковь "в ее главе и членах" не осталось и следа. Дело шло о том, чтобы реставрировать папство в смысле торжества "истинных начал католицизма", как единственной религии, представляющей интересы бога на земле. Отныне не должно быть никакой речи о каких-либо уступках протестантам; всяким сомнениям и колебаниям, что считать ересью, был окончательно положен предел, и так называемому тридентскому исповеданию веры должны были принести присягу все духовные лица и профессора университетов. Авторитет папы был поставлен выше решений вселенских соборов, и "божьему слову", всегда исходящему из уст папы, все должны были отныне беспрекословно повиноваться.
Против непокорных же действовал суровый меч инквизиции, не только каравший "преступников", но и предупреждавший "преступления". Таким предупреждением являлось изъятие из употребления запрещенных книг, указанных "Индексом". Чтобы обеспечить деятельность папской цензуры, папой Пием V (1566-1572) была создана в 1571 г. специальная конгрегация "Индекса" под председательством самого папы. Эта конгрегация просуществовала в своем первоначальном виде до 1917 г., когда она передала свои функции так называемой конгрегации святой инквизиции, учрежденной еще в 1542 г. Последнее издание "Индекса" относится к 1934 г., когда он был составлен по распоряжению Пия XI. Последнее издание "Индекса" было предпринято в 1948 г., в понтификат папы Пия XII. С. Г. Лозинского к этому времени уже не было в живых.
Каждое новое издание "Индекса" пополнялось "свежим" материалом; старый иногда из него выпадал: папство делало уступку "духу времени". Так, исчез из "Индекса" Галилей, ибо папство, по-видимому, уже примирилось с идеями Галилея. Живущие авторы, под угрозой церковных наказаний, должны подчиниться требованиям "Индекса" и отказаться от своих книг, попавших в него.
В "Индексе" значились Декарт и Мальбранш, Спиноза и Гоббс, Локк и Юм, Савонарола и Сарпи, Гольбах и Гельвеций, Вольтер и Руссо, Ренан и Штраус, Тэн, Минье, Кинэ, Мишле, Золя, Флобер, Жорж Санд, Стендаль, Виктор Гюго, Лессинг, Прудон, Мицкевич, Метерлинк, Анатоль Франс, ряд энциклопедий, в том числе знаменитая Энциклопедия великих французских просветителей, почти все произведения которых были занесены в "Индекс". На страницах "Индекса" встречаются имена и духовных лиц католической религии: так "История древней церкви" (русский перевод, 1908) известного французского епископа Луи Дюшена (1843-1922) попала в число запрещенных книг, равно как все работы священника Альфреда Луази. Под особую защиту "Индекс" берет дьявола и ведьму, и потому Мишле и множество других авторов, писавших о дьявольщине, не избежали "Индекса" фигурируют в нем и те католики, которые критиковали принцип непогрешимости папы. Имя "старокатолика" проф. Игнатия Деллингера "украшает" страницы "Индекса".
Мало того, в число запрещенных книг попадали даже такие, которые в свое время были одобрены высшими представителями церкви или иногда даже были написаны папами. Так, на "Примечания к Новому завету" Эразма Роттердамского был наложен запрет, хотя до издания "Индекса" книга эта рекомендовалась рядом епископов и архиепископов. Запрещенным оказался проект улучшения церкви, выработанный еще в 1538 г. специальной комиссией, председателем которой был кардинал Караффа, будущий папа Павел IV. Оказалась под запретом и "Такса святой апостольской канцелярии", представлявшая прейскурант отпущений и диспенсаций, которые продавались папством всем желавшим очиститься от грехов и преступлений.