Однако среди паломников не было ни одной коронованной особы. Король Карл вскоре стал враждебно относиться к папе — как и Эдуард Английский, когда папа попытался превратить Шотландию во фьеф папы. Затея провалилась, равно как и попытка Бонифация диктовать свою волю в вопросах престолонаследия в Венгрии и Польше. Однако наиболее непримиримым врагом папы, по иронии судьбы, оказался король Франции Филипп Красивый. Их взаимная вражда началась в 1296 году, когда Филипп обложил французских клириков высокими податями, чтобы обеспечить средствами военные операции против англичан в Гаскони, которые, как оказалось, стали прологом Столетней войны. Со времен Иннокентия III такие подати вводились обычно для финансирования Крестовых походов, тогда как боевые действия, которые вел Филипп, едва ли можно было так назвать. Разъяренный папа ответил буллой
Поскольку папская казна чрезвычайно зависела от поступления доходов из Франции, то у Бонифация не оставалось иного выхода, кроме как уступить, попытавшись хоть в какой-то степени замаскировать ослабление своего престижа канонизацией Людовика IX, деда Филиппа IV.
В это же время, и также безо всякой необходимости, папа сделал своими врагами могущественную фамилию Колонна. Хотя это семейство было традиционным соперником Каэтани, двое кардиналов Колонна с самого начала поддержали его избрание. Однако они быстро разочаровались в нем из-за его высокомерия и автократических методов. Дело приняло серьезный оборот, когда в 1297 году группа сторонников Колонна захватила партию слитков драгоценных металлов, когда их везли в папскую казну, заявив, что они сделаны «из слез бедняков». Бонифаций отреагировал, как обычно, очень бурно, пригрозив отправить папские гарнизоны в их родной город Палестрину и другие цитадели Колонна, а также изгнав двух кардиналов, которые никак не были связаны с ограблением, из Священной коллегии. Наконец, он отлучил от церкви всю фамилию, захватив и опустошив их земли ради обеспечения крестового похода. Когда все Колонна бежали во Францию, его главными врагами в Италии стали
Отныне вызов был брошен. На папу обрушился поток грубых оскорблений, по-видимому, не имевших аналога за всю историю папства. Хулители не ограничивались обвинениями в непотизме, симонии или алчности, которые и без того были самоочевидны, они обвиняли его в идолопоклонстве, поскольку папа воздвиг слишком много собственных статуй, а также атеизме и даже содомии. (Бонифаций, как его в том обвиняли, говорил, что секс с мальчиками — это не больше, чем потереть одну руку об другую.) Все эти обвинения, как и многие другие, еще более абсурдные, находили живой отклик во Франции, если только там они не зарождались. В течение трех или четырех лет после восхождения на папский престол Бонифаций VIII стал вызывать к себе отвращение большее, чем кто-либо из понтификов до него.
Затем, осенью 1301 года, король Филипп IV без долгих рассуждений бросил в тюрьму непокорного епископа Памьерского, обвиненного им в государственной измене и вызывающем поведении. Папа, не потрудившись выяснить обстоятельства дела, с возмущением потребовал освободить епископа; Филипп отказался. И тут противостояние между королем и понтификом вступило в заключительную фазу. В своей новой булле, названной «Ausculta fili» («Внимай, сын»), папа надменно потребовал, чтобы король явился на синод в сопровождении высокопоставленных клириков в Рим в ноябре 1302 года. Едва ли нужно говорить, что Филипп вновь ответил отказом. Однако тридцать девять французских епископов, что оказалось в известном смысле неожиданностью, нашли в себе мужество присутствовать там. Именно после этого Бонифаций дал последний залп, выпустив буллу «Unam sanctam», в которой после вольных цитат из Бернара Клервоского и Фомы Аквинского в чрезвычайно многословной форме объявил, что совершенно необходимо для спасения души, чтобы каждый человек являлся подданным римского понтифика. В этом не было ничего нового; подобные претензии высказывались Иннокентием III и несколькими другими папами. Однако никогда папский абсолютизм не заходил столь далеко, и не было никаких сомнений, что Бонифаций имеет в виду именно короля Филиппа.