Не в силах затушить пламя фанатизма, которое вспыхивало повсюду, где появлялся Барадей, Юстиниан оказался в затруднительном положении. Учитывая настроения монофизитов, теперь с ними требовалась осторожность более, чем когда-либо. В то же время на Западе его уже начали критиковать за слабость и вялость перед лицом новой угрозы. Стало ясно, что требуются какие-то позитивные шаги; таким образом, ввиду отсутствия лучшего решения Юстиниан остановил выбор на публичном осуждении — не монофизитов, а тех, кто находился на другом краю богословского фронта, отстаивая скорее человеческую, а не божественную природу Христа, — несториан. Эта полузабытая секта подверглась осуждению еще в 431 году на Эфесском соборе; впоследствии большая часть ее адептов бежала на Восток, в Персию и дальше, и лишь немногие из несториан, если вообще хоть кто-то, остались в пределах империи. Таким образом, не имело большого значения, подвергаются они теперь гонениям или нет. Однако тут имелось то преимущество, что их одинаково ненавидели и монофизиты, и ортодоксальная церковь, и, делая заявление такого рода
Это была идиотская затея, которая полностью заслужила последовавшей реакции. Только православное духовенство Востока согласилось, да и то в некоторых случаях не слишком охотно, придерживаться линии императора. Монофизиты, надеявшиеся на ощутимые уступки, не смирились; римские епископы на Западе не скрывали своего крайнего возмущения. Любые нападки на несториан, громогласно заявляли они, идут лишь на пользу монофизитам. Они решительно отказались осудить «Три главы», а Стефан, легат папы в Константинополе, довел до сведения самого патриарха неудовольствие своего шефа по поводу объявления церковного проклятия.
Такая реакция оказалась для Юстиниана неожиданностью, и он не на шутку встревожился. В Италии за те четыре года, которые прошли со времени первой кампании Велисария, позиции Византии все больше и больше слабели; теперь же, в то время когда он нуждался в поддержке более, чем когда бы то ни было, ему пришлось столкнуться с сопротивлением папы Вигилия и всей римской церкви. Лучше всего было скорее забыть о разногласиях. Император не стал протестовать, когда папа отказался осудить «Три главы», а без лишнего шума взялся за восстановление отношений.
В течение полутора лет он проводил такую политику и продолжал бы ее, если бы позволили обстоятельства. Однако когда Велисарий сообщил, что Риму угрожает осада, новая тревожная мысль лишила его покоя: в случае взятия Тотилой города будет невозможно предотвратить захват папы в заложники, и последствия этого лишь еще больше усугубят положение. Отреагировал Юстиниан быстро. 22 ноября 545 года офицер императорской гвардии с группой воинов прибыл в Рим и схватил Вигилия в тот момент, когда тот еще не покинул церковь Святой Цецилии после богослужения, посадил его на судно, ожидавшее у берега Тибра, и отправил вниз по реке.
Папа, не имевший ни малейшего желания оставаться в Риме в то время, когда городу угрожала долгая и тяжелая осада, не выразил недовольства, когда ему сообщили, что его везут в Константинополь, хотя его вряд ли привлекала мысль о возобновлении знакомства с Феодорой — ведь его обещание объявить о благоволении монофизитству осталось невыполненным, и ему, очевидно, пришлось бы давать объяснения по этому поводу. Однако вышло так, что встреча папы с императорской четой произошла не так скоро, как он этого ожидал; в течение целого года он оставался в Катании на Сицилии в качестве ее гостя. За это время ему удалось отправить несколько кораблей, нагруженных зерном, для оказания помощи Риму. Не позднее января 547 года он достиг берегов Босфора.