С самого начала конклава все понимали, что никто из открыто симпатизирующих иезуитам не станет папой, так как на его кандидатуру наложат вето одна или несколько католических держав; с другой стороны, победа на выборах, купленная ценой предварительно данного обещания прекратить деятельность ордена, имела бы, если так можно выразиться, привкус симонии. Вследствие этого Ганганелли решил проявить осторожность, избрав средний путь. Он дал понять, что рассматривает возможность полного запрета на деятельность иезуитов, но не более того. Возможно, сам он не являлся ни сторонником, ни противником иезуитов, однако, будучи честолюбив, твердо решил разыграть «иезуитскую» карту — правда, действуя исподволь, — чтобы добиться преимущества. 19 мая 1769 года в возрасте 64 лет конклав избрал его папой. Климент XIV обладал целым рядом качеств, достойных восхищения: умный, совершенно неподкупный, он держался дружелюбно, отличался скромностью и живым чувством юмора. Когда 26 ноября 1769 года новый понтифик принимал участие
Кардинал де Берни, французский посол в Риме, писал:
«Климент XIV умен, но его познания ограничиваются теологией, церковной историей и несколькими анекдотами из придворной жизни. Он чужд политике, и его любовь к секретности значительно превышает умение хранить тайну; он обожает дружеские беседы и в разговоре выдает свои тайные помыслы. У него приятные манеры. Ему нравится быть приятным; обратное же пугает его больше всего на свете. Напрасно он храбрится: робость — главная черта его характера. Как правитель выказывает более доброты, нежели твердости; в финансовых делах церкви поддерживает порядок и экономию. Скромен и трудолюбив, хотя не отличается быстротой действий. Он веселый человек — и хочет прожить долгую жизнь, пребывая в мире».
Упомянутая любовь к секретности создала папе серьезные трудности в отношениях со Священной коллегией. Он не доверял своих замыслов кардиналам и даже не интересовался их мнением по тому или иному вопросу Они начали выражать сожаления по этому поводу; не получив ответа, они взяли дело в свои руки, бойкотируя церковные церемонии, в результате чего папе пришлось совершать богослужения практически в одиночку Более того, привычка Климента окружать себя людьми низкого звания вызвала значительное напряжение в отношениях между ним и римской знатью — вплоть до того, что всего через четыре месяца после его восшествия на Святой престол она отказалась являться на церемонии, что традиционно входило в ее обязанности. Особенное раздражение вызывал у нее личный секретарь папы, его любимец и товарищ по ордену Святого Франциска Бонтемпи, сын повара из Пезаро. Именно Бонтемпи, а не канцлер Папской области Орсино Паллавичини выполнял при папе роль конфидента.