На праздник Богоявления в 858 году Игнатий неблагоразумно отказал в причастии дяде императора, который бросил собственную жену ради своей снохи. Потребовалось совсем немного времени, чтобы составить подходящие обвинения, однако только к концу года патриарх был арестован и изгнан. Как и следовало ожидать, его преемником стал Фотий. В светском обществе он имел скромное положение, однако трудности были быстро преодолены: в течение недели он прошел пострижение, посвящение в духовный сан, рукоположение и интронизацию. Затем Фотий написал папе Николаю в Рим, официально уведомляя его о своем назначении. Хотя его послание представляло собой образец тонкой дипломатии, в котором не было ни одного дурного слова о предшественнике, вместе с ним в Рим отправилось другое, якобы от самого императора, в котором об Игнатии говорилось, что он пренебрегал своей паствой и что его лишили сана должным образом и в соответствии с каноническими правилами. В истинности этих утверждений у папы зародились обоснованные подозрения. Николай принял посланцев со всеми положенными церемониями в церкви Санта-Мария-Маджоре, однако дал понять, что не собирается признавать Фотия патриархом без дополнительного расследования. Поэтому он предложил созвать собор для выяснения обстоятельств дела, который должен состояться в Константинополе в следующем году и куда папа отправит двух своих представителей, а те представят лично ему отчет.
Эти двое представителей, Захарий из Ананьи и Родоальд из Порто, достигли Константинополя в апреле 861 года. С самого момента прибытия они стали подвергаться сильнейшему давлению со стороны Фотия — они оказались вовлечены в водоворот бесконечных церемоний, собраний, пиршеств и приемов, во время которых патриарх постоянно сидел рядом с ними, поражая их эрудицией и очаровывая их обаянием. Еще задолго до начала работы собора, первое заседание которого должно было состояться в храме Святых Апостолов, Фотий решил, что они не будут ему мешать. Что же касается Игнатия, то им не позволили ни разу взглянуть на него до тех пор, пока тот не вошел в церковь, чтобы дать показания. А затем ему пришлось выслушивать утверждения семидесяти двух свидетелей о незаконности его избрания, которому он был-де обязан скорее благосклонностью к нему императрицы, нежели выборами, проведенными в соответствии с каноническими правилами. В конце четвертого заседания низложение Игнатия было закреплено официальным документом — под ним среди подписей стояли и подписи Захария и Родоальда.
Когда оба прелата возвратились в Рим, папа, вне всякого сомнения, выразил им свое неудовольствие. Их задача, напомнил он легатам, состояла в том, чтобы они выяснили суть дела, а не выступали в качестве судей. Поступив так, они предали интересы церкви, поддавшись обольщениям византийцев, словно несмышленые дети, а не почтенные священнослужители. Они позволили патриарху обмануть себя и показали, что не достойны своего ранга и положения. Он поразмыслит об их будущем позже. А пока они могут идти.
В это время в Рим прибыл архимандрит по имени Феогност, который сумел избежать постоянного надзора за собой в Константинополе, доставил Николаю удовольствие рассказом о несправедливостях со стороны Фотия и его друзей и о страданиях, которые пришлось претерпеть несчастному Игнатию, закончившихся тем, что его вынудили поставить подпись под актом о своем отречении. Теперь папа не испытывал колебаний. В апреле 863 года он созвал в Латеранском дворце синод, который лишил Фотия всех церковных постов и восстановил Игнатия в его сане патриарха, равно как и прочих, кто утратил свое положение в результате этого дела. Захария и Родоальда лишили их кафедр. Однако в Константинополе, как того можно было ожидать, решение папы оставили без внимания, и ссора, таким образом, продолжалась. Непоколебимость Николая имела своим результатом лишь демонстрацию того, насколько он бессилен в делах Востока. Однако теперь совершенно неожиданно благосклонная фортуна преподнесла ему свой дар. Для этого из всех мест на Земле она выбрала Болгарию.