Буржуазная пресса предрекала неминуемые столкновения между Ватиканом и Гитлером, но ничего подобного не произошло. Ни та, ни другая сторона не были заинтересованы в обострении отношений, однако и не думали делать уступки друг другу. Гитлер продолжал политику завинчивания гаек по отношению к католической иерархии в Германии, а папа, раздосадованный, огорченный, больной, искал выхода из тупика, в котором оказалась церковь. С каждым днем он испытывал все большую тревогу и беспокойство. Здоровье его стало быстро ухудшаться. 10 февраля 1939 г. он неожиданно скончался.
12 марта 1939 г. на папский престол был избран статс-секретарь Пия XI Эудженио Пачелли, принявший имя Пия XII.
Мир стоял на пороге войны. При попустительстве правящих кругов Англии и Франции Гитлер захватил Австрию и Чехословакию, Муссолини — Эфиопию. В Испании Франко с помощью Гитлера и Муссолини душил республику. Милитаристская Япония вела войну против китайского народа.
Новый мировой конфликт сулил тяжелые испытания и для церкви. Чтобы ладья св. Петра не дала течь и не пошла ко дну, нужен был сверхопытный в международных делах и осторожный кормчий. Полагали, что среди всех кардиналов только Пачелли вполне соответствовал этим требованиям.
Руководя внешней политикой Ватикана при Пие XI, Пачелли зарекомендовал себя умелым политиком и дипломатом. Поэтому все «сильные мира сего» считали, что в нужный момент смогут найти с ним общий язык, заручиться его поддержкой. Взойдя на папский престол, Эудженио Пачелли действительно оставался в основном дипломатом. В центре его внимания всегда стояли вопросы мировой политики. При этом свою главную политическую задачу Пий XII видел в объединении и мобилизации капиталистических держав для антикоммунистического «крестового похода». Этой идее была подчинена вся его деятельность как в период второй мировой войны, так и после нее. Однако, будучи трезвым политиком, Пий XII избегал откровенно и четко формулировать свое кредо. Он предпочитал добиваться своих целей путем маневрирования и лавирования, маскируя их высокопарными разглагольствованиями о преданности всеобщему миру, принципам справедливости и международного правопорядка.
В первый год своего понтификата Пий XII действительно стремился предотвратить взрыв войны в Европе, добиться мира между капиталистическими державами, чтобы направить агрессию против СССР. Гитлер предпочел войну. 1 сентября 1939 г. германские войска напали на Польшу. Вторая мировая война началась. Папа встретил ее молчанием.
В 1941 г. Гитлер, Муссолини и их союзники развязали войну против Советского Союза. Оккупированная Европа была покрыта концлагерями, в которых погибло свыше 10 млн. человек, среди которых было немало и верующих-католиков, а также священников-антифашистов. Пий XII продолжал молчать.
Папа и католические иерархии не осудили фашизм даже после того, как союзники одержали победу. Более того, тысячи фашистских военных преступников избежали наказания благодаря покровительству Ватикана, снабжавшего их фиктивными документами и переправлявшего в Испанию, Португалию и в страны Латинской Америки.
Такую позицию Ватикана можно, видимо, объяснить тем, что фашисты боролись с коммунизмом и тем самым, с точки зрения Пия XII, делали богоугодное дело. Пий XII предпочел быть с фашизмом против коммунизма.
После победы антигитлеровской коалиции Пий XII делал все возможное, чтобы столкнуть западных партнеров по коалиции с Советским Союзом, что соответствовало стремлениям наиболее реакционных сил капиталистического мира. Папа прилагал огромные усилия, чтобы разрушить антифашистское единство, сложившееся в годы войны, исключить из него коммунистов, игравших ведущую роль в борьбе против гитлеризма. В странах народной демократии Пий XII через местную церковную иерархию толкал католиков на борьбу против коренных социальных преобразований. Он стал открыто призывать к новому «крестовому походу» против коммунизма. Организуя широкую антикоммунистическую кампанию, Ватикан одновременно тайно финансировал правые политические партии, выступавшие против единства антифашистских сил.
В годы «холодной войны» Ватикан был «своим домом» для разведывательных служб США. В конце 1949 г. госдепартамент США передал Ватикану 500 тыс. долларов на антикоммунистическую пропаганду. Это находилось в прямой связи с декретом конгрегации священной канцелярии (инквизиции) от 13 июля 1949 г., который отлучал от церкви верующих за принятие коммунистического учения и его пропаганду, за членство в компартии, сотрудничество с ней, за чтение и распространение ее прессы. Декрет служил как бы объявлением церковью войны коммунизму и коммунистам и был с большим удовлетворением встречен правительством США. До самой смерти Пий XII придерживался откровенно враждебного курса по отношению к коммунизму и социалистическим странам.
Пий XII приветствовал создание Атлантического пакта, военное присутствие США в Западной Европе.