В массах суеверных людей распространялось убеждение, что если сам папа — еретик, если высшее духовенство погрязло в болоте, то дело смягчения бога, возмущенного людской испорченностью, должен взять в руки сам народ путем наложения на себя какого-либо наказания. Зараза флагелланства (самобичевания) овладела огромными массами народа в разных странах Западной Европы. Люди стегали себя ремнями с железными остриями с такой силой, что иногда приходилось с трудом извлекать острие из тела.
Самобичевание, начиная с Х в., вошло в употребление среди верующих в качестве средства искупления грехов и особенно рекомендовалось нищенствующими орденами. Даже короли прибегали к этому средству очищения, и широкую известность, например, приобрело самобичевание английского короля Генриха II на могиле архиепископа Бекета. Первое крупное массовое самобичевание имело место в начале XIII в., когда толпы народа в Северной Италии под влиянием агитации францисканца Антония Падуанского совершили публичные процессии самобичевания. С того времени в тревожные общественные моменты верующие фанатики пускали в ход это средство очищения от грехов. В «черную годину» 1348–1349 гг. процессии бичующихся приняли небывалые размеры. Церковь, видевшая на первых порах во флагелланстве выгодное ей средство одурманивать людей и держать их в страхе божием, постепенно стала относиться к нему враждебно. Как явление массовое, процессии флагеллантов пугали ее: в процессиях определенно сказывались аскетические тенденции, шедшие вразрез с сытой и богатой жизнью паразитического духовенства. Под крайне реакционной формой ересь флагеллантов боролась не только против греховной церкви, но и за возврат к мнимому христианскому равенству. Многие процессии бичующихся совершенно открыто выражали свою ненависть к церкви, в особенности к папству. В гневе на всех «виновников» божьей кары они уничтожали церковное имущество, даже нападали на представителей церкви.
Чтобы отвести народное возмущение от духовенства, церковью была пущена легенда, что распространением «черной смерти» мир обязан заговору евреев, будто бы замысливших истребить христиан путем отравления колодцев, и целые еврейские общины были вырезаны. Вот как описывает летописец Диссенгофен события черной годины: «В течение года были сожжены все евреи от Кельна до Австрии… можно было бы думать, что наступил конец всему еврейству, если бы уже завершилось время, предсказанное пророками». Массовое уничтожение евреев перестало быть делом одних лишь флагеллантов, и современник этих событий Генрих Герфордский, вскрывая подлинную суть событий, проводит параллель между истреблением евреев и ограблением ордена храмовников французским королем: «В том и другом случае, — говорит он, — целью нападения были деньги, имевшиеся у истребляемых жертв».
Папство, однако, не могло допустить ускользавших из-под его руководства флагеллантов, очищавших себя от грехов и отрицавших за папой «предоставленные» ему Христом права и привилегии. Что сделается с самым прибыльным делом святого престола — с продажей индульгенций, если люди будут в состоянии путем бичевания сами себя очистить от грехов, не прибегая к посредничеству церкви и папства — тому посредничеству, которое составляло главнейшую материальную и моральную силу духовенства? И папа Климент VII в 1349 г. в особой булле резко осудил флагеллантов, называя их крайне опасными еретиками, подлежащими суду инквизиции. Начались кровавые преследования бичующихся, многие из них погибли в огне. Однако в конце XIV в. на почве новых стихийных бедствий процессии бичующихся возобновились под руководством «чудотворца» Висенте Феррера. Висенте возвестил конец мира в 1400 г., при этом он с такой выразительностью описывал муки ада, что два преступника, спрятавшиеся под его кафедрой, сгорели, согласно молве, от угрызений совести. Так как конец мира не наступил в 1400 г., то верующие пришли к выводу, что Висенте силой своего апостольского служения добился от бога отсрочки конца света!
Пребывание пап в Авиньоне печально отражалось и на папских делах в Италии. Отдельные могущественные феодалы и небольшие республики рвали на части Папскую область и присоединяли к себе все, что плохо лежало в «покинутой своим господином» стране. Внутри города Рима не прекращалась борьба за власть между отдельными военно-феодальными группами, разорявшая городскую ремесленную массу. Приток странников и авантюристов, вокруг которых кормилась в Риме масса деклассированных элементов, приостановился ввиду отъезда папы в Авиньон. Это било по тем же несостоятельным слоям римского населения.