Папа за минувшие два года понял, что если собор без него восстановит единство веры, то его собственные позиции подвергнутся опасности. Поэтому и он проявил склонность к компромиссу. Летом 1433 года Евгений IV в Риме короновал Сигизмунда в императоры. А в декабре 1433 года он отменил свое же решение о роспуске Базельского собора и снова признал его полностью законным. Во вновь начавшем свою работу в 1434 году Базельском соборе принимал участие и сам император. Был принят целый ряд таких декретов по реформе, которые позже были признаны папской церковью каноническими. Таковыми были, например, реформа жизни и поведения духовенства, осуждение симонии и внебрачного сожительства, регламентация церковной службы и псалмопения, обязательность проведения провинциальных соборов и т. д. Собор по-новому регламентировал порядок избрания пап и кардиналов. Собор установил, что численность кардинальской коллегии может составлять максимум 24 человека, но при условии, что представители одной нации не должны превышать половину от этого числа. Противоречия между папой и собором еще больше обострились, когда собор постановил урезать папские доходы. В 1435 году были отменены многие специальные папские доходы; хотели отменить также практику аннат и такс. В то же время о самостоятельности папства в финансовом отношении свидетельствует тот факт, что Рим при Евгении IV получил право чеканить собственные монеты.
В это время в Риме возобновились волнения, подстрекателями которых являлись представители рода Колонна. В 1434 году папа Евгений IV бежал вначале в Замок Святого Ангела, а затем во Флоренцию. Курия находилась там в течение девяти лет; в Риме между тем была провозглашена республика. Папа во времена своего пребывания в изгнании во Флоренции установил тесные связи с представителями гуманизма, с его художественным воплощением — Ренессансом. Курию во Флоренции в полном смысле слова наводнили гуманисты.
Окончательный разрыв между Базельским собором и папой произошел в 1437 году. Евгений IV своей буллой «Doctoris gentium» переместил собор на итальянскую землю, в Феррару; его призыву тогда последовала лишь меньшая часть собора. Император и князья поддерживали Базельский собор, но конциляризм со смертью Сигизмунда потерял свою главную опору. Таким образом, папа в начале 1438 года беспрепятственно смог открыть собор в Ферраре.
Собор в Ферраре осудил принятые к тому времени решения по вопросам реформы, противоречащие примату папы. Евгений IV попытался поднять авторитет папы, используя тяжелое положение Византии, которую теснили турки, для унижения греко-восточной церкви, с тем чтобы после полной капитуляции заключить с нею унию. В Феррарском соборе, на котором решался вопрос об унии, приняло участие высшее духовенство греческой церкви под руководством императора Византия Михаила Палеолога и Константинопольского патриарха Иосифа. Греки хотя и не без сопротивления, но в конце концов были вынуждены принять филиокве и примат папы, но сохранили свои литургические традиции. Для них уния была политической необходимостью: пойдя на восстановление единства церкви, они надеялись, что латинский христианский мир окажет им вооруженную поддержку в борьбе не на жизнь, а на смерть с турками. Действительно, авторитет Евгения IV возрос благодаря тому, что 6 июля 1439 года декрет, начинавшийся словами «Laetantur coeli» и подписанный греческими иерархами, привел, в соответствии с требованиями папы, по крайней мере на бумаге, к унии. Практическое же осуществление унии потерпело неудачу, натолкнувшись на сопротивление греческого низшего духовенства и верующих. Когда ожидавшаяся помощь Запада не поступила, то и император не настаивал на дальнейшем претворении унии в жизнь. Собор же, на котором была подписана уния, после своего 15-го заседания из-за вспыхнувшей в Ферраре чумы переехал во Флоренцию.
Оставшиеся в Базеле соборные отцы вступили на путь радикализма. Их решения чуть ли не призывали к церковной революции. На Базельском соборе они в противовес папскому абсолютизму выдвигали верховенство народа, трактуя его с радикализмом, выходящим за рамки сословности. Но требование демократической церковной конституции противоречило монархическим в своей основе организации и мировоззрению церкви. На Базельском соборе руководящая роль перешла из рук высшего духовенства в руки церковной интеллигенции — докторов, юристов, теологов. В начале 1438 года по их инициативе собор временно отстранил папу Евгения IV от престола. После чего кардиналы во главе с Чезарини ушли с собора; за ними в Феррару последовала также большая часть епископов.