Обновленное в духе Тридента папство достигло кульминации своего могущества и авторитета в годы понтификата Сикста V (1585–1590). Кардинал Монтальто происходил из незнатного рода. Легенда утверждает, что в детстве ему приходилось пасти свиней. Двенадцатилетним отроком он вступил в орден францисканцев, а затем сделал головокружительную карьеру. Он реорганизовал и обновил францисканский орден в духе строгой реформы, став его генералом. На конклаве он был избран папой благодаря поддержке клана Медичи.
После своего вступления на папский престол Сикст V восстановил нарушившийся порядок в Церковном государстве. Он буквально с варварской жестокостью стал расправляться с расплодившимися при Григории XIII бандитами. Наряду с установлением высоких денежных наград за их головы он договорился с соседними государствами, что те не будут предоставлять бандитам убежища. Так, меньше чем за год он в буквальном смысле истребил бандитов и разбойников. Политический порядок в государстве и в городе он стремился укрепить и упрочить посредством заключения браков своих разбогатевших и набравших силу родственников с членами семейных кланов Орсини и Колонна и тем самым свести на нет вековые противоречия между этими аристократическими родами.
Новый папа и в международной политике был сторонником примирения. Во вновь разгоревшемся испано-французском конфликте он не принял ни ту ни другую сторону — это, правда, объективно благоприятствовало Франции. Сикст V считал, что освободиться из-под испанской гегемонии он сможет при усилении французского державного противовеса. Во взаимоотношениях же с Англией он однозначно стоял на стороне испанцев. В 1587 году английская королева Елизавета казнила католичку Марию Стюарт. За это папа отлучил Елизавету от церкви (это было последнее в истории отлучение от церкви королевской особы) и объявил о крестовом походе против нее, организацию которого он возложил на Филиппа II, пообещав ему Англию в вассальную зависимость. Тем самым папа освятил испанскую агрессию; начавшаяся формально на религиозной почве испано-английская война на самом деле была войной, отражавшей соперничество мировых держав за господство на море, за захват колоний. В 1588 году состоявшая из 130 кораблей испанская «Великая армада» двинулась на завоевание Англии. В результате поражения и гибели военно-морского флота Испании ее (и португальская) морская гегемония рухнула. Начиная с этого момента мы становимся свидетелями быстрого подъема Голландии и Англии. Закат Испании как великой державы и перемещение центра экономического развития на побережье Атлантики (в частности, во Фландрию), начавшиеся там затем буржуазные революции — все это оказывало воздействие и на Италию (прежде всего на папство). Упадок, переживаемый Испанией, вверг в кризис Италию и папство.
Папа Сикст V явился создателем администрации Церковного государства и новой, современной системы единого управления церковью. После Реформации было необходимо обновить и осовременить и высшее руководство церкви. Начиная с Авиньона и вплоть до Тридента абсолютистская власть пап ограничивалась кардинальской консисторией, которая вносила в руководство определенный элемент коллегиальности. Однако после Тридента папская власть усилилась. Во время контрреформации консистория (так же как и княжеский совет — рейхстаг — в условиях светских абсолютных монархий) снова потеряла свое значение и превратилась в чисто консультативный орган, подчиненный воле папы.
Это не означало, однако, принижения значения кардиналов — изменились их функции. Они превратились из могущественных магнатов («князей церкви») в авторитетных и образованных высших чиновников папы. Этому, в частности, способствовало то обстоятельство, что внутри коллегии кардиналов возникли призванные заниматься различными специальными задачами кардинальские конгрегации. Они взяли на себя большинство функций бывших центральных папских учреждений. Каждая из таких конгрегаций может рассматриваться как своего рода профилированное министерство во главе с кардиналом (в отдельных случаях — во главе с коллегией, состоящей из нескольких кардиналов). Кардинальская консистория преобразовалась как бы в совет министров; обычно папа был не председателем его, а абсолютным господином. Эта организационная система отнюдь не означала демократизацию руководства церковью, а, наоборот, служила укреплению централизма, делая его более компетентным. Таким образом, структура специализированных конгрегаций заменила под знаком церковного централизма систему управления, возглавляемую канцелярией консистории. (Канцелярия и Трибунал сохранились в качестве административных органов, но влияния в делах управления они уже не имели.)