Упадок авторитета папского престола стал очевидным во время понтификата Александра VII (1655–1667). Кардинал Фабио Киджи принимал участие в качестве кельнского нунция в катастрофических для папства переговорах по заключению Вестфальского мира и там стал политическим противником кардинала Мазарини. С 1651 года он был кардиналом-статс-секретарем папы Иннокентия X. С тех пор редкостью считалось, чтобы бывший статс-секретарь папы избирался папой. Ведь он уже был связан с определенным политическим курсом. Став папой Александром VII, Киджи вначале не пускал в Рим своих родственников, желая положить конец непотизму. Однако традиция оказалась сильнее. Вскоре в курии опять появились родственники папы, но власть их была уже далеко не такой, как в эпоху Ренессанса или барокко.
При Александре VII изменилось управление курией. Папа порвал с методами произвола в управлении; сам он не очень-то вмешивался в государственные дела, а доверял их кардинальским конгрегациям. Папа Александр создал кардинальскую конгрегацию, охватывающую управление Церковным государством, из которой затем сформировался папский государственный секретариат. Таким образом, и церковное управление все больше подпадает под влияние папских придворных. Александр VII ввел институт папских прелатов. Этот сан получали не епископы, а главным образом куриальные священнослужители, имевшие заслуги перед папой. Курия стала замкнутой организацией римской аристократии. Александр VII выдвигал людей только из знатных аристократических семей. Власть была в руках древних римских родов (Савелли, Конти, Орсини, Колонна, Гаэтани), а также семей, выдвигавших кандидатов в папы. Таким образом, середина и вторая половина XVII века стала в Риме порой расцвета аристократии. Замкнутость имела также и национальный характер; Александр VII назначил 38 кардиналов, из которых 33 были итальянского происхождения. В аристократической атмосфере курии монашеские ордена начали считать лишними, а орден иезуитов просто стал неудобен. Это засилье в руководстве церковью аристократических посредственностей также сыграло свою роль в том, что в XVII–XVIII веках почти не было выдающихся пап.
В новой эре, начавшейся с Александра VII, земледелие в когда-то богатой Кампанье и в окрестностях Рима пришло в упадок. А формирование промышленности вследствие непродуктивного характера Церковного государства априори становилось невозможным. Государство здесь рассматривалось всеми, от самого мелкого чиновника вплоть до папы, в первую очередь как возможность обогащения. Снова распространились подкупы и взяточничество; злоупотребления имели место и в правосудии. По сути дела, начиная с этого времени, мы можем говорить об общем упадке Церковного государства, о его отсталости — в чем опять-таки проявился кризис института папства.
Юный Людовик XIV дал почувствовать свою власть и свое пренебрежение к папе Александру VII не только в заключении Пиренейского мира (1659), но и обеспечив себе право вмешиваться во внутренние дела Папской области даже в связи с незначительной дипломатической неурядицей. Александру VII оставалось успокаиваться лишь успехами в области религиозной морали. Шведская королева Кристина (1632–1654), отказавшись, как известно, от трона, перешла в Инсбруке в католическую веру и в 1655 году переселилась в Рим. Дочь победоносного протестантского лидера и полководца Тридцатилетней войны Густава Адольфа завоевала себе этим благосклонность и милость папы: она — единственная женщина в истории, которая была погребена в Ватиканской усыпальнице.
После смерти Александра VII великие державы стали активно пользоваться своим эксклюзивным правом. В соответствии с расстановкой сил новым папой стал кардинал Джулио Роспильози, пользовавшийся полным доверием у Людовика XIV. Профранцузский папа Климент IX (1667–1669), будучи старым и больным, считался поэтому «кратковременным» папой. Он был известен не только как драматург, но и как высший священнослужитель, который вел святой образ жизни. (Ежедневно он собственноручно кормил 13 бедняков.) Уход со сцены непотизма ознаменовался тем, что папа уже не безгранично благоприятствовал своим родственникам, а обеспечивал им лишь достойное благоденствие. Тем же, что Климент IX не распустил на все четыре стороны чиновников и непотов своего предшественника, чтобы освободить место для своих людей, он в значительной степени способствовал консолидации церковного управления.