Со вступлением на престол папы Пия IX (1846–1878) начался самый продолжительный в истории церкви понтификат, длившийся 32 года. Правление Пия IX относится к наиболее противоречивым. При нем в результате прекращения существования Церковного государства кончилась светская власть пап, но ему удалось полностью сохранить — за счет догматизации непогрешимости — авторитет внутри церкви. Пий IX гораздо более непреклонно, чем его предшественники, противостоял эпохе и идеям эпохи, и все же именно он стал создателем папства Нового времени.
Кардинал Джованни Мастаи-Ферретти происходил из древней графской семьи и в молодом возрасте стал епископом Имолы. С ним часто случались приступы эпилепсии, так что он был чрезвычайно раздражительным и нервным человеком. Он сделал обычную для аристократов Церковного государства карьеру; возвышение Мастаи-Ферретти не было результатом его личных заслуг. Его теологическое образование было явно недостаточным, в своих решениях он часто подпадал под влияние своего окружения. О молодом епископе Имолы в Риме распространялись слухи, что у него дома даже кошки либералы. Он был знаком с либеральными католическими взглядами Джоберти и Росмини, пробным камнем для которых была революция 1848–1849 годов и борьба за свободу. На вопросы о национальном единстве и независимости Италии будущему папе Пию IX пришлось давать ответ не только как главе церкви, но и как итальянцу.
На конклаве, который длился всего лишь два дня, кандидатом от консервативной партии был государственный секретарь Ламбруччини, фактически правивший вместо престарелого Григория XVI, а его противником — кардинал Гицци. В виде обычного компромиссного варианта был выдвинут незаметный, но слывший либералом Мастаи-Ферретти, который в конечном счете своим избранием был обязан кардиналам-неогвельфам. У молодого, 54-летнего папы не было никакой программы, но он сам, имевший репутацию либерала, был программой.
Верный своим обещаниям, данным во время выборов, Пий IX после вступления на престол начал проводить умеренные либеральные конституционные реформы. Тем самым Церковное государство сблизило свои позиции с устремлениями итальянского национально-освободительного движения. Он смог поступить так еще и потому, что курия в общем не была согласна с проводимой австрийцами в Ломбардии, Тоскане и Венеции иозефистской церковной политикой. 17 июля 1846 года Пий IX объявил всеобщую амнистию политическим заключенным и беженцам Церковного государства. Весной 1847 года он ослабил церковную цензуру, хотя и ограниченно, и позволил издание гражданской прессы. Городу Риму он вновь предоставил самоуправление. Каждый четверг Пий IX проводил открытую аудиенцию. В октябре 1847 года он создал в Риме Государственный совет, в котором заняли места также и светские деятели. И наконец, папа содействовал организации Гражданской гвардии.
Мероприятия папы в области реформ нашли подражателей во всей Италии. Даже такая осторожная либеральная политика побудила Меттерниха усилить военное присутствие австрийцев в Италии. До этого времени Феррара, составлявшая часть Церковного государства, лишь символически находилась под «защитой» австрийцев. По приказу Меттерниха в августе 1847 года в Ферраре фактически был установлен режим оккупации. Пий IX выразил протест против насилия, которое привело в движение всю Италию. Пьемонт и Тоскана вступили в таможенный союз, к которому присоединился и папа. Сардинский король Карл Альберт предложил свои войска для освобождения Феррары. А Мадзини призвал Пия IX возглавить борьбу за независимость. Несомненно, что в то время Пий IX был самым популярным человеком в Италии. Казалось, что программа Джоберти действительно осуществляется.
Одновременно продвигались также либеральные реформы. 12 февраля 1848 года сформировалось первое состоявшее из светских лиц министерство во главе с кардиналом Антонелли, заместителем государственного секретаря. 16 марта Пий IX дал согласие на провозглашение конституции, к чему его принудила революционная волна, охватившая Рим. Однако конституция не отвечала ожиданиям демократов: обе палаты законодательного органа подчинялись кардинальской коллегии, зависимой от папы. Однако этим актом в Риме одержал победу, хотя и половинчато, буржуазный либерализм.
В марте 1848 года революция победила и в Ломбардии; австрийские войска, под командованием Радецкого, отступили.