На конклаве 1903 года партия сторонников политической линии Льва XIII сплотилась вокруг кардинала Рамполлы, в то время как кандидатом интегралистской оппозиции был кардинал Готти. Как свидетельствует исторический опыт папства, у Рамполлы было немного шансов, ибо он хотел во имя интересов церкви произвести изменения, создать новое правление, которое начало бы свою деятельность с «чистого листа» (tabula rasa). Однако однозначная французская ориентация Рамполлы побудила Франца-Иосифа объявить Рамполлу нежелательной для центральных держав кандидатурой. 2 августа на заседании конклава архиепископ Краковский, кардинал И. Пузина объявил вето императора Австро-Венгрии. Рамполла резко протестовал против вмешательства, и число отданных за него голосов под воздействием инцидента временно увеличилось. Это, однако, было уже лишь протестом оскорбленного конклава, лагерь государственного секретаря все более уменьшался. Как обычно бывает, в порядке компромисса наибольший шанс выпал на долю кардинала, меньше всего претендовавшего на папскую тиару. В конце концов 4 августа 1903 года кардинал Сарто получил требуемое большинство в две трети и, став папой, взял себе имя Пий X. Поскольку избрание имени само по себе означает уже и программу, то новый папа тем самым подчеркивал свое желание придерживаться деяний святых и страдавших Пиев, главным образом Пия IX.
Будучи по складу характера исключительно духовным пастырем, папа при избрании по желанию народа направился было на внешний балкон Ватиканского дворца для благословения «urbi et orbi», не подумав о том, что выход из ватиканских покоев может быть расценен как символический «отказ от ватиканского плена». Кардинал-декан в испуге напомнил папе о политических последствиях его поступка, в связи с чем Пий X благословил народ тоже лишь с балюстрады, восприняв роль пленника, которую исполняли его предшественники.
Это интермеццо также свидетельствует о том, что вставший во главе церкви бывший провинциальный приходской священник вообще не был знаком с курией и методами управления вселенской церковью. Пожалуй, именно это и его глубокая набожность способствовали тому, что пришедший извне человек, который глазами священника, знающего итальянскую действительность и повседневную жизнь церкви, понял такие внутренние проблемы церкви, которых не замечал беглый взгляд предшественника, мыслившего категориями европейского масштаба.
Пий X свой новый ватиканский курс начал с того, что сместил Рамполлу с должности главы Государственного секретариата, а его партию удалил из Ватикана. Государственным секретарем он избрал также аполитичного и глубоко консервативного испанского кардинала Мерри дель Валя. Все это свидетельствовало о том, что Пий X критически судил о политической активности своего предшественника, считал ее бесполезной, и свою задачу видел не в политической деятельности, а в проведении внутреннего обновления церкви.
В энциклике Пия X «Е supremi apostolatus cathedra», опубликованной 4 октября 1903 года в связи с его вступлением на престол, была изложена программа консервативного реформаторского папства. Ее центральной мыслью было: «Instaurare omnia in Christo!» («Все обновить во Христе!»), средствами и областью осуществления виделась не церковная политика, а углубление религиозной жизни и обновление пастырской деятельности, стремление сделать их эффективными. Так, энциклика считала важной задачей воспитание такого католического клира, который сначала в самом себе сформировал бы жизненные идеалы христианской святости, прежде чем приниматься за воспитание таких качеств в других. В отношении государственной власти Пий X проявил нейтральность, хотя и симпатизировал консервативным монархиям. В то же время он однозначно дал понять, что для выполнения церковного предназначения в роли духовного пастыря необходима полная свобода.
20 января 1904 года была издана конституция «Commissum nobis», в которой кардиналам под угрозой отлучения было запрещено представлять на конклаве вето иностранного государства. Тем самым было окончательно ликвидировано эксклюзивное право. Этим постановлением Пий X хотел оградить церковь от влияния светской власти (имея в виду, кстати, вето в отношении кандидатуры Рамполлы на последнем конклаве). В булле «Vacante sede apostolica» от 25 декабря 1904 года Пий X закрепил существовавший до того порядок избрания папы и в еще большей степени усилил положение о недопустимости оказания внешнего влияния на выборы.