Несмотря на конфликты с фашизмом, папа Пий XI, главным образом под воздействием Пачелли, считал, что споры представляют собой лишь внутренние раздоры в лагере борцов против коммунизма. Главными силами мировой борьбы против коммунизма Ватикан считал фашистские диктатуры, и в первую очередь Германию. И прежде всего ради этого он был готов предоставить моральную и идеологическую поддержку со стороны церкви. Такой основной общностью интересов можно объяснить одобрение папой агрессии в Абиссинии, итальянской и германской фашистской агрессии в Испании и, наконец, молчаливое одобрение в марте 1938 года нацистского аншлюса Австрии, желающей осуществить концепцию «Quadragesimo anno». На евхаристическом конгрессе 1938 года в Будапеште легат Пачелли провозгласил дух примирения в интересах готовящегося мюнхенского соглашения, что в той ситуации лишь ободрило агрессоров. Мюнхенское соглашение в Ватикане восприняли как средство избежать войны. Однако новое разочарование уже не постигло Пия XI. Когда папа лежал на катафалке, сапоги солдат вермахта уже гулко стучали по мощеным улицам Праги.
2 марта 1939 года в конце третьего заседания конклава по избранию папы над Сикстинской капеллой поднялся белый дым. Дуайен кардинальского корпуса Гранито ди Бельмонте появился на Балконе Благословений и с традиционными словами обратился к стотысячной толпе, собравшейся на площади Святого Петра: «Annuntio vobis gaudium magnum! Habemus Pontificem!» («Сообщаю вам большую радость! У нас есть папа!») Новым папой стал государственный секретарь кардинал Эудженио Пачелли, принявший имя Пия XII (1939–1958).
Символический по своему значению выбор имени верно выразил намерения нового первосвященника: декларирование преемственности духовной и политической линии своего предшественника, правления Пия XI. Согласно традициям церкви, как правило, государственных секретарей предыдущих пап не избирают папами, ибо они уже связаны с определенной политикой. В случае с Пачелли члены конклава руководствовались именно этим, желая подчеркнуть его избранием преемственность и продолжение церковной политики Пия XI. Новый папа во время своего длительного понтификата продолжил политическую линию Пиев, причем примером для себя в проводимой церковной политике он взял Пия X, которого объявил святым.
Эудженио Пачелли происходил из древней римской аристократической семьи; даже будучи папой, он правил в аристократическом стиле. Пий XII был целиком и полностью папой-политиком, находившимся всю свою жизнь на церковной внешнеполитической службе. В результате 12-летнего пребывания в Германии он и во время последующего 20-летнего понтификата, несомненно, оставался германофилом, окружив себя и в Риме немцами. Поэтому уже и общественное мнение того времени называло его, коренного римлянина, «немецким папой». Его другой характерной чертой была непримиримая ненависть к марксизму и коммунизму, которую он не смог пересилить даже после окончания «холодной войны». Кардинал Пачелли во время своей почти 10-летней деятельности на посту государственного секретаря определял политику Ватикана. Так что в 1939 году он имел такой политический авторитет, что его избрание почти для каждого считалось решенным делом.