Что касается церковно-политического разрыва, то в этом вопросе Карл выступил против II Никейского собора и в своем послании («Libri Carolina») вступил в дискуссию с его решениями. Он не вынуждал папу Адриана отречься от решений II Никейского собора, но потребовал, чтобы на созываемом Карлом в 794 году во Франкфурте соборе бывшей Западной империи папа обеспечил представительство своими послами. На этом соборе председательствовал король; на нем были осуждены решения восточного собора, с чем выразили согласие и папские легаты. Папе был преподан урок: дела христианского сообщества вершат уже не папа и Византия, а Карл при содействии папы.
Папа Адриан скончался в то время, когда рушились его мечты о папском суверенитете. Об избрании его преемника Льва III (795–816) Карл был извещен посольством. Начиная с Павла I, таким образом в качестве простого акта вежливости патриция ставили в известность о результатах выборов. В свое время Византия, а также экзарх требовали, чтобы к ним обращались с просьбой об утверждении еще до посвящения. Однако Лев не только вместе с римскими избирателями дал клятву верности франкскому королю, но и одновременно признавал Карла своим сюзереном. Лев прекратил датировать свои грамоты только годом своего понтификата и стал проставлять также год правления Карла.
Следует учитывать, что папы в Италии для противостояния вновь появившимся арабским (сарацинским) завоевателям и все заметнее наглеющей феодальной аристократии нуждались еще более, чем прежде, в вооруженной защите со стороны франков. Но это можно было обеспечить лишь за счет полного политического подчинения франкскому королю.
В 799 году, во времена понтификата папы Льва, мы встречаемся с новым явлением: под руководством племянника папы Адриана (скончавшегося предшественника Льва) против папы, избранного в соответствии с канонами, подняла мятеж византийская партия. Против папы Льва, как выяснилось, не без основания, был выдвинут целый ряд обвинений (клятвопреступление, предательство, нарушение брака и т. д.). Во время церковного шествия на Льва III было совершено нападение, с него было сорвано одеяние иерарха, его стащили с осла и заключили в монастырь. Льву удалось, обманув бдительность стражей, спуститься по веревочной лестнице и бежать сначала в Сполето, а оттуда к своему господину — Карлу. Эти события интересны во многих отношениях: прежде всего — мятеж был поднят против избранного на законном основании и уже правящего папы, таким образом, была нарушена неприкосновенность папы. Достойно внимания и то, что здесь открыто проявилась и позднее отчетливо просматриваемая неустойчивость, нашедшая выражение в чередовании пап, противостоящих друг другу в силу своих политических ориентации. За понтификатом провизантийского Адриана последовала откровенно профранкская позиция Льва. И наконец, на сцене появляется папский племянник, представляющий сторонников предшествующего папы и проводящий политику, направленную против его преемника.
В IX веке цементом, связывающим между собой феодальные государства, образованные на территории бывшей Западной Римской империи, было католическое религиозное единство. Наряду с универсализмом религиозного характера возникла также потребность политической солидарности в государственных рамках франкской империи, в которой нашла свое воплощение идея христианской империи, обновленной Карлом Великим. Союз с папой обеспечивал Карлу и его преемникам поддержку со стороны епископов и церкви. Самой мощной силой, сплачивающей складывающуюся феодальную государственность, была базирующаяся на идеологическом (религиозном) универсализме и также феодализирующаяся церковная организация. Новая связь между церковью и государством, между христианской религией и феодальной властью была закреплена в результате коронации императора, состоявшейся на рождество 800 года.
Сотрудничество церкви и папы было также необходимо для узаконения франкского политического универсализма в виде империи, как в свое время для королевства Пипина. Именно поэтому Карл вначале восстановил в правах главы церкви привезенного им с собой в Рим папу Льва. Как только это 23 декабря свершилось, сразу же последовало восстановление института империй. Согласно летописи «Жизнь Карла Великого» («Vita Caroli Magni»), 25 декабря 800 года, в праздник рождества, Карл как раз находился в соборе Святого Петра пред могилой Петра, погруженный в молитву, когда в присутствии собравшегося народа к нему неожиданно подошел папа Лев и под торжествующие возгласы народа (Laudes!) короновал Карла, провозгласив его императором.