Император Оттон II (972–983) не очень занимался Италией, ибо дома его донимали свои противники. Это способствовало тому, что в Риме вновь к власти пришла партия аристократов. Почти полвека семейство Кресченциев распоряжалось папским престолом. Сын уже упоминавшейся выше Теодоры Младшей, Кресченций, велел заточить в Замок Святого Ангела и убить выдвинутого императором папу Бенедикта VI (973–974). Папу Бонифация VII из рода Кресченциев (973–984) войска императора в свою очередь изгнали из Рима, и Бонифаций, захватив церковные ценности, бежал, не останавливаясь до самой Византии. Вновь папство на протяжении многих десятилетий оказалось между молотом и наковальней, воюющими между собой германским императором и римской аристократией. В 983 году в Германии скончался Оттон II, и на троне оказался 3-летний Оттон III. Воспользовавшись этим, Кресченций путем убийства новых пап восстановили свою власть.
Положение изменилось лишь тогда, когда в 996 году Оттон III взял власть в свои руки и вновь навел порядок в Риме. Оттон, как только получил церковный сан его дальний родственник — немецкий епископ, возвел его на папский престол. Григорий V (996–999) был первым немцем, ставшим папой, за которым последовал затем целый ряд его соотечественников. Уверовавшая в поддержку Византии римская аристократия, возглавляемая Кресченцием, не хотела мириться с немецким господством. Папа, ставленник Оттона, был вновь изгнан, и на папский престол возведен антипапа. Но за это император страшно отомстил. В 998 году Кресченций был обезглавлен на крыше Замка Святого Ангела, антипапа (Иоанн XVI) — низложен, изувечен и, привязанный к спине осла, изгнан из города.
Оттон III не возобновил Оттонианум (Оттоновы привилегии) для пап, а полностью подчинил их своей власти. Он сделал попытку ликвидировать также власть крупных феодалов, но с небольшим успехом. Оттон возвел на папский престол под именем Сильвестра II своего приближенного, учителя и друга, француза Герберта, архиепископа Реймсского, занимавшего папский престол с 999 по 1003 год. Здесь прослеживается аналогия: император Оттон мнил себя новым Константином, во время правления которого папой был Сильвестр I. Император Оттон III и папа Сильвестр II мечтали о Христианской республике, и это воодушевляло их на реставрацию империи. Однако в 1002 году бунт римской аристократии побудил к бегству молодого императора-мечтателя и папу: их власть была еще недостаточной, чтобы держать в узде римлян.
Когда произошло образование венгерской государственности, Оттон III и папа Сильвестр II предполагали осуществить идею христианского универсализма, в соответствии с которой в 1000 году Святой Иштван получил из рук Сильвестра корону. Характерно, что Иштван испрашивал корону не у Византии, хотя венгерскую церковь организовали латинские и греческие миссионеры. Присылка короны была также символическим актом, означавшим независимость страны: тем самым папа признавал Иштвана суверенным христианским монархом, в семье которого власть передается по наследству. Одновременно это символизировало божественное происхождение власти. Иштван в свою очередь даровал свою страну Святому Петру (поэтому позже, например, Григорий VII и Иннокентий III выдвигали требования вассальной субординации) и получил титул апостолического посла (отсюда апостолический титул венгерских королей). В более поздние времена венгерские короли в противостоянии сверхдержаве, Германской империи, пытались опираться на пап.
После смерти Оттона III (1002) род Кресченциев восстановил свое господство в Риме. В первой половине XI века вновь последовала череда пап, которые в гораздо большей степени зависели от аристократических партий, чем от германских императоров. Вначале всю полноту власти в Риме осуществлял сын казненного Кресченция, Иоанн, который, будучи патрицием, и назначал пап. После смерти Иоанна, наступившей в 1012 году, власть перешла к противной партии, к потомкам семейства Теодоры-Марозии, к дому графов тусколомских. Граф Аль-берих посадил на папский трон своего брата под именем Бенедикта VIII (1012–1024). Папу Бенедикта следует упомянуть в связи с тем, что лишь с него стало обычаем — в настоящее время это уже закономерное явление — менять при избрании в папы имя, до этого такие случаи были редки. Тусколомские графы жили мирно с далеким германским императором. Короля Генриха II (1002–1024) папа Бенедикт VIII в 1014 году короновал в Риме в императоры. Генрих был довольно щедр в Германии по отношению к высшему духовенству, но именно поэтому он был столь упорным в отстаивании своего права назначать епископов. Стоит также упомянуть о том, что Генрих в согласии с папой в 1022 году в связи с проводимым в Павии собором высказался за строгое наказание женатых священников и нарушителей целибата хотели покарать, исключив их из духовного сословия.