Французский король вопреки точке зрения папы подчеркнул, что королевская власть исходит непосредственно от Бога и не признает над собой никакой другой власти, кроме Бога. Филипп перешел в контрнаступление и решил призвать папу на вселенский собор. В ответ на это Бонифаций готовился предать короля анафеме. За день до назначенного оглашения проклятия (8 сентября 1303 года) канцлер короля Филиппа — Гильом Ногаре с помощью римских аристократов, возглавляемых Счиаррой Колонна, совершили нападение на папу, который в это время находился в своем родном городе Ананья. Произошла короткая, но кровавая вооруженная стычка с окружением папы в его дворце, в ходе которой погиб викарий архиепископа Эстергомского Гергей, находившийся в то время в составе венгерского посольства при папском дворе. Ногаре захватил папу и, как утверждают, избил пожилого человека. Однако римляне, возглавляемые Орсини, освободили папу из французского плена, после чего Бонифаций проклял покушавшихся и их короля. Он торжественно въехал в Рим, где через несколько недель — по мнению одних, в результате пережитых волнений, а по мнению других, будучи отравлен своими врагами — скончался. (Исторические романы выдвигают версию, согласно которой Бонифаций не смог перенести оскорблений и после покушения сошел с ума. Он умер с помраченным рассудком, изрыгая ругательства и не приняв причастия. Из-за этого Бонифация на начавшемся против него во Франции суде посмертно обвинили в ереси.)
Из схватки французской монархии и папства победителем вышел король, будто заранее предначертав путь прогресса. Наиболее значительный, выдающийся учитель католической церкви, систематизатор учений о папском абсолютизме потерпел тяжелое политическое поражение. Эта политическая неудача положила конец великодержавным устремлениям григорианского папства. Папы последующих столетий осуществляли примат уже с помощью других средств.
В политическом отношении Бонифаций VIII действительно потерпел поражение от французского короля, но идеи папы продолжали искушать. Король Филипп предпринимал попытки по их развенчанию. Так, через несколько лет после смерти Бонифация, в 1306 году, он заставил начать процесс по канонизации Пьетро дель Мурроне. Затем в 1313 году был причислен к лику святых авиньонский папа Целестин V, а против Бонифация VIII задним числом начат судебный процесс. (Согласно обвинению, Бонифаций якобы приказал убить в тюрьме Пьетро дель Мурроне.) Но и таким образом оказалось нелегко очернить память о великом противнике. Гибеллин Данте, который по политическим мотивам также ненавидел Бонифация VIII, в «Божественной комедии» изобразил этого папу в главе «Ад», песнь 19, в числе наказанных за симонию.
Данте Алигьери (1265–1321) и его «Божественная комедия» выступают межевым знаком между средневековьем и новым временем. Будучи человеком эпохи перелома, он стремился к синтезу, универсализму. Развивавшийся готический стиль достигал этого своими соборами с рвущимися вверх, в небо куполами; внешнее противопоставлялось внутреннему, земное — небесному. На этой двойственности основывались и великие систематизации. В поэзии — Данте, а в философии — Святой Фома Аквинский (1225–1274) с помощью разума хотели установить мост между Небом и Землей, между знанием и верой. (Такой же синтезирующий универсализм проявляется и у папы Бонифация VIII.)
Наиболее выдающимся философом христианского средневековья, основателем схоластики был Фома Аквинский. Фома Аквинский происходил из графской семьи. В Неаполе, где началась его учеба в школе, он вступил в доминиканский орден. Дальнейшее образование он продолжил в Париже и Кельне. Его учителем был один из первых зачинателей научно-естественного образования, Альберт Великий, немец по происхождению. Папа вызвал Фому Аквинского из Парижа в Рим, где тот находился при папском дворе около десяти лет, затем с 1268 по 1272 год вновь занимался преподавательской деятельностью в Парижском университете. Наиболее значительными трудами Фомы Аквинского являются комментарии к произведениям Аристотеля, «Сумма против язычников» и состоящая из трех томов «Сумма теологии», в которой Фома Аквинский дает синтез христианской религии и философии. В 1274 году во время следования на II Лионский собор его настигла смерть. (Согласно историческим сплетням, и его отравил Карл Анжуйский.)