Во времена папского абсолютизма наиболее важную роль играла исполнительная власть, канцелярия, которая вела текущие дела в соответствии с указаниями папы и была основательно осведомлена о делах и личностях. Вначале из единой чиновничьей системы, созданной Григорием I, выделили Пенитенциарий. Пенитенциарий ведал делами, относящимися к церковно-судебной власти папы. Сперва сам папа устанавливал покаяния, связанные с получением отпущения грехов. Впервые с термином «Poenitentiarius Рарае» («Папский Пенитенциарий») мы встречаемся в 1193 году. «Сакра Пенитенциариа Апостолика» занималась рассмотрением таких преступлений (грехов), отпущение которых не могли дать епископы (например, освобождение от клятвы, снятие отлучения и др.).
Вторым органом судебной власти папы была «Сакра Романа Рота» («Святая Римская империя»), которая также была создана папой Иоанном XXII в 1331 году. «Сакра Романа Рота» выполняла функцию верховного апелляционного суда папы. (Сюда можно было обращаться как в конечную инстанцию с апелляцией против приговора, вынесенного епископами, архиепископами.)
Еще позднее (со времен контрреформации) появилась «Супремус Трибуналис Сигнатура», которая занималась светскими судебными делами Церковного государства. В общем, папы осуществляли свою судебную власть над вселенской церковью и Папским государством через три юридических ведомства — Пенитенциарий, Роту и Сигнатуру, объединенные в Трибунал (Верховный суд).
Внутри канцелярии в XIV веке была создана «Датария Апостолика» — ведомство, занимавшееся куриальными персональными делами, своего рода отдел кадров. Практически «Датария» проводила работу по формированию структур, организации папских учреждений и по проверке делопроизводства. Папа Сикст V окончательно отделил «Датарию» от канцелярии. Создание «Датарии» и Трибунала уже привело к ослаблению прежнего монопольного положения папской канцелярии, так как они взяли на себя некоторые функции, ранее выполнявшиеся канцелярией.
Вначале канцелярия занималась также и финансовыми делами папы. В рамках ее была создана «Камера Тесаурариа» (казначейство), первые упоминания о которой датируются 1277 годом. В качестве самостоятельного ведомства министерство финансов Церковного государства было сформировано в 1331 году папой Иоанном XXII; положение о нем было изложено в булле «Ratio juris». (В ней оно называется «Камера Апостолика».) Во главе «Камеры» стоял так называемый камерленго, который с тех пор во время вакансий папского трона берет на себя руководство курией.
При организации папского фискального дела Иоанн XXII, следуя по стопам Климента V, создал целую систему налогов и папских доходов. После того как практически перестало существовать Церковное государство, пришлось искать новые материальные источники, чтобы покрыть расходы на содержание разбухшего чиновничьего аппарата папства, на участие его в мировой политике и на войны. Эта проблема была решена в Авиньоне Иоанном XXII в результате создания новой системы папского финансового хозяйства.
Денежные доходы пап в этот период можно разбить на три основные группы:
Первая — ценз Святого Петра. Эта группа доходов представляет собой суммы, поступавшие от католической церкви в папскую казну. Сюда относится рента, выплачиваемая непосредственно подчинявшимися папе монастырями монашеских орденов. В авиньонский период эти суммы превратились в наиболее важные материальные источники, которые через так называемые папские резервации поступали в куриальную казну. Система папских резерваций (сохранение папами за собой права назначения на должность) развилась к началу XIV века. Папы получали все большую власть при назначении на епископские должности и при раздаче других выгодных бенефиций. Юридическая система, сложившаяся главным образом при Бонифации VIII и Иоанне XXII, канонически поддерживала требование, согласно которому получение каждой церковной доходной должности, годовой доход которой превышал 200 золотых флоринов, подпадало под юрисдикцию папы. Тем самым папы добились того, что огромные суммы попадали в папскую казну в качестве платы за назначение.
В Авиньоне раздача церковных бенефиций стала почти исключительно прерогативой папы. Доход от освободившихся, но еще не заполненных церковных бенефиций принадлежал папе. Его называли «фруктус интеркаларес» («добавочный доход»). И наконец, одним из видов доходов курии стала так называемая «сполиа» (наследство церковного лица, должность которого введена папским ведомством).