Иустин — это первый христианский философ, который стремится установить значимость использования отрицательных терминов для закрепления идеи божественной трансцендентности. Учение Иустина о Боге прибегает к элементам учений Филона и средних платоников ради того, чтобы упрочить с их помощью интенцию христианской традиции по объединению Платона и Моисея. Одним из наиболее важных понятий в богословии Иустина, которое удержится и далее в христианской традиции, является понятие о нерожденности Бога (см. I 14. 25. 49; II 6 и 12). Нерожденность Бога влечет за собой, по суждению Иустина, отсутствие у Него каких–либо имен, поскольку наречение имени предполагает наличие того, кто нарекает имя и кто, тем самым, предваряет своим наличием появление того, кому дается имя (II 6). А потому, будучи лишен имени, Бог и является неизреченным (I 61). Чтобы объяснить кажущееся противоречие, ибо в Священном Писании у Бога много имен, Иустин, следуя в этом Филону, утверждает, что такие понятия, как «Отец», «Творец» или «Господь», не должны быть истолкованы как истинные имена, но как термины, прилагаемые к Богу при обращении к Нему и восходящие к тому или иному аспекту Его деятельности (II 6). Согласно Иустину, Бог не является абсолютно непознаваемым — и это понятие получит дальнейшее развитие только в IV в., хотя прецеденты таких представлений наблюдаются еще у Климента. Но основополагающим для апологетов является утверждение, что трансцендентность Бога всегда сопряжена с актом воплощения, в том смысле, что Сын Божий есть то орудие, посредством которого Бог становится видимым (I 63).
Именно с творений Иустина в учении о Боге начинает проступать некоторая напряженность между библейским восприятием Бога как личности и платонической и эллинистически–иудейской концепцией Бога как абстрактной и безличной реальности. Неопределенность позиций, занимаемых по этому вопросу, была характерна для всего древнего христианства, испытывавшего на себе влияние со стороны платонизма, но, в любом случае, представление о Боге как о «личности» полностью никогда не утрачивалось.
Иустин развивает богословие Логоса, исходя из слов, содержащихся в Прологе Евангелия от Иоанна: итак, Логос есть Сын Божий, не только воплотившийся, но существовавший «от начала», а значит, присутствовавший и в истории человечества. Но Сын является также высшей мудростью и разумом. Иустин, следовательно, впервые вполне органично разрабатывает интерпретацию Логоса, выдержанную в философских и притом сугубо «греческих» тонах, которая характерна для патристической мысли в целом. Не следует, впрочем, забывать и о том, что Иустин был знаком со среднеплатонической философией, для которой вполне привычным являлось учение об идеях как о божественных мыслях . Одно место из «Первой апологии» (глава 64) вписывает Иустина в эту традицию; он также знаком с аллегорическим истолкованием Афины как ума Бога, которого придерживался еще в I в. до P. X. платоник Антиох из Аскалона, и Иустин связывает это истолкование с мыслями Бога и с умопостигаемым миром. Ум Бога совпадает с «миром, зачатым его мыслью», т. е. с полнотой идей.
Плодом этой усиленной философской работы явилось формулирование (не впервые введенное именно Иустином, но органично им разработанное) Второго Лица как Логоса, который есть верховная разумность, «вложенная» в Отца и от Него неотделимая; это представление соответствует представлениям платоников и стоиков. Божественный Логос несомненно является для Иустина «лицом» постольку, поскольку он присутствует на земле, но его личностная реальность не так ясно очерчена, когда он описывается как Логос, «вложенный» в Отца «от начала». Ибо только за Отцом, как считало христианство первых времен, признается в первую очередь статус Бога, а Сын, хотя Он и мыслится тоже как Бог, но Он Бог лишь постольку, поскольку Он Логос Отца.
Из такого подхода к сфере божественного, естественно, вытекает вопрос; каким образом Три Сущности, каждая из которых является Богом, могут образовывать одного Бога? Поначалу этот вопрос пытались решить в категориях модализма. Иустин утверждает, что Логос отличен от Отца численно, а не только в понятии («Разговор с Трифоном иудеем», 56); численно, а не только по имени («Разговор с Трифоном иудеем», 128). Таким образом, различие между каждым Лицом Троицы реально, а единство Бога не абсолютно, но относительно. Подхватывая концепцию Филона, Иустин впервые, а затем и его преемники, такие, как Феофил Антиохийский («К Автолику», II22) и Ипполит («Против Ноэта», 10—11), утверждают, что Логос, поскольку он рожден Богом, не просто «божественен», но что он есть Бог и пребывает в единении с Богом как с равным Себе, а потому Бог не может рассматриваться как «единственный».