В отличие от апологетов, интересы Иринея не направлены на философию, и его творчество носит совершенно другой характер. Когда Ириней пишет своё произведение «Против ересей», он ставит своей целью создание грандиозной экклезиологической системы, наиболее значительной для первых веков христианства, — причем до такой степени, что она, в силу целого ряда своих аспектов, оказывала воздействие и на последующих писателей, будучи в их глазах весьма авторитетной. Однако Иринея нельзя назвать малообразованным писателем, не причастным к культуре. Его понятие о Боге характеризуется, как и соответствующие идеи других апологетов, обращением к философским концепциям, пусть и не очень глубоким. Бог нерожден, вечен, Он не нуждается ни в чем, Он самодостаточен и дарует другим сущностям их существование («Против ересей», III 8, 3); Он совершенен, Он есть только свет, Он есть только дух, и Он является — во всей её полноте — сущностью и источником для любой благой вещи (IV 1, I 12, 2; II 13, 3. 8; 28, 4). Бог объемлет Собою всё, и, поскольку Он не рожден, Он превыше любой сотворенной сущности (И 25, 3; V 5, 2). Во второй книге своего труда Ириней пытается опровергнуть концепции гностиков, исходя из следующих предпосылок: он рассматривает зоны валентиниан в качестве чреды гипостазированных духовных и психических функций, ибо заблуждение этих еретиков состоит в том, что они приписывают Богу аффекты человеческой души (II 13, 3.8; 28, 5; I 12, 1 и сл.). Бог же — прост, и это единственное, что человек может относительно Него утверждать. А отделение от Бога Ума, как если бы это являлось некоей формой эманации, с неизбежностью превращает Бога в существо сложное.
Это утверждение имеет силу и по отношению к Логосу: не следует верить, что Логос исходит от Бога, — Который Сам есть дух во всей его мыслимой полноте и слово во всей его мыслимой полноте, — наподобие того, как человек произносит слово. Если эоны обладают своим существованием от Отца, который их эманирует, тогда все эоны должны были бы быть свободны от любого аффекта, как и верховный бог, но в таком случае невозможным оказалось бы падение Софии — либо же все эоны, включая и первоверховного Отца, характеризовались бы наличием аффектов, что абсурдно (II17, 1 и сл.).
В противовес теории Филона о двух этапах или стадиях существования Логоса, проявившейся и у Иустина, Ириней придерживается теории единственного этапа существования Логоса: Логос существовал от века в состоянии Логоса рожденного, т. е. в том состоянии, которым, для сторонников теории двух этапов, открывался как раз второй этап Его существования. Однако подобными рассуждениями Ириней опровергает не столько учение апологетов, сколько учение гностиков. Ибо они воспринимали происхождение Логоса как своего рода физическую эманацию, и, коль скоро, с их точки зрения, должно было бы существовать некое начало изведения Логоса из недр Отца, Ириней настаивает, напротив, на том, что Логос всегда сосуществовал Отцу (II30,9; IV 20, 3; II25, 3). Итак, несомненным представляется то, что выражение «в начале» значит не «в начале сотворения мира», но «от века».