В 1864 г. было утверждено «Положение о начальных народных училищах», в котором к начальному образованию были отнесены элементарные школы всех ведомств, городские и сельские школы, содержавшиеся за счет казны, обществ и частных лиц. В начальных школах преподавались закон Божий, чтение по книгам гражданской и церковной печати, письмо, четыре арифметических действия и, где возможно, церковное пение. Все преподавание должно было вестись на русском языке. Продолжительность обучения в Положении не указывалась. Фактически в лучших земских и городских школах она составляла три года, во многих других – два года. Все начальные народные училища, находившиеся ранее в ведении различных ведомств, были подчинены Министерству народного просвещения, однако для начальных училищ, открытых духовенством, делалось исключение: они оставались в ведении Священного Синода. В целом реформа начального образования согласно Положению 1864 г., означавшему ее бессословный характер, давала право открывать начальные школы органам местного самоуправления (земствам), допускала к преподаванию женщин, учреждала коллегиальные органы управления школой.
В том же году издается «Положение о земских учреждениях», по которому земства могли открывать начальные школы и содержать их в хозяйственном отношении. За первые десять лет своего существования земства создали значительную сеть начальных сельских школ. В некоторых земствах организовывалась подготовка народных учителей в земских учительских школах, проводились курсы и съезды учителей, устраивались пришкольные библиотеки. Однако права земств были ограничены и сводились преимущественно к решению финансово-хозяйственных вопросов, земства не имели права вмешиваться в учебно-воспитательный процесс и деятельность школ. Земские школы относились к числу министерских школ и официально именовались
В 1864 г. утверждается «Устав гимназий и прогимназий», который провозглашает принцип общечеловеческого образования и внесословной школы. Согласно уставу учреждаются два типа гимназий: классическая – с преподаванием латинского и греческого языков и реальная – без древних языков, обучение в них было рассчитано на семь лет. В реальной гимназии по сравнению с классической в большем объеме преподавались точные и естественные предметы: математика, естествознание, астрономия, физика, черчение. Предусматривалась организация прогимназий – неполных средних школ с 4-летним сроком обучения, соответствующим четырем первым классам гимназии. Как правило, они открывались в небольших уездных городах.
В 1863 г. принимается новый университетский Устав, предполагающий относительную самостоятельность университетов и утверждающий статус других высших учебных заведений – Петербургского технологического института, Горного института, Института путей сообщения, Петровско-Разумовской сельскохозяйственной академии и т. д. Университетам были возвращены права на избрание ректора, проректоров, деканов и профессоров, стимулировалось развитие научных исследований, увеличивался штат профессорско-преподавательского состава.
В 1870-1880-х гг. после неудачного покушения на Александра II реформы образования стали носить реакционный характер. Новый Устав начальных школ, принятый в 1874 г., предусматривал усиление контроля министерских инспекторов в отдельных учебных заведениях. Правительство стало тормозить открытие земских и городских школ. Поощрялось создание церковно-приходских школ. К 1880-м гг. в связи с убийством Александра II реакция в школьной политике усилилась. Положение 1874 г. действовало без изменений до революции 1917 г. и, по мнению Н.А. Константинова, являлось большим тормозом развития начального образования. Усиливался надзор духовенства за образом мыслей и поведением народных учителей и духом преподавания в начальных школах.