Навуходоносор разместил свои войска в зарослях тростника по берегам Тигра, чтобы захватить все лодки и охранять переправы. Дарий обошел их с фланга, переправив своих солдат на надутых шкурах, как мы это видим на ассирийских барельефах и могли видеть, как это делается, еще недавно. Этот отряд был разбит 13 декабря. Второе сражение, произошедшее пять дней спустя в Зазане на Евфрате, которым руководил сам Навуходоносор, было решающим. Армия вавилонян оказалась загнанной в воду, а «мятежник» бежал в Вавилон. Он был быстро схвачен и убит. К 22 декабря 522 г. до н. э. Вавилон датировал свои таблички «годом начала правления Дария, царя Вавилона, царя стран». Находясь в Вавилоне, Дарий, по-видимому, занимал северный дворец Навуходоносора.
Также, пока он был в Вавилоне, по заявлению Дария восстали Парса, Элам, Мидия, Ассирия, Египет, Парфия, Саттагидия и Сака. Арианд, которого Камбис оставил сатрапом, отвратил от себя египтян своей суровостью и был изгнан. Вместе с ним был изгнан и проперсидски настроенный Уджахорресн, который так выступил в свою защиту: «Я был добрым правителем в своем городе. Я избавил его жителей от величайших беспорядков, которые обрушились на всю страну, таких здесь еще не бывало. Я защищал слабых от сильных (еще одно запоздалое эхо свода законов Хаммурапи). Я оберегал робких; если на них нападала болезнь, я делал для них все возможное в то время, когда это было нужно. Я устраивал должные похороны для тех, кого не могли похоронить; я помогал всем их детям; я упрочивал их дома. Я делал для них все, что для них было полезно, как отец для своих сыновей, когда волнения начались в этом номе, когда большие беспорядки пришли на землю всей этой страны».
Возвращение подвластных земель
Но волна начала поворачивать в другую сторону. Уже 9 декабря Дадаршиш в Бактрии оказал сопротивление «вождю» Маргуш (Маргианы) на широких равнинах у современного Мерва (древнейший город Средней Азии, стоявший на берегу реки Мургаб в юго-восточной части Туркменистана в 30 км к востоку от современного города Мары. —
Капитуляция Хашшина лишь дала возможность истинному персу Мартии, сыну Чичикриша из Куганаки, спуститься прямым путем из Парсы в Сузы и провозгласить себя Умманнишем — так звали эламитского царя, наводившего страх на ассирийцев, которым он был известен под именем Хумбанигаш. (На барельефе его лицо не сохранилось, но на нем одеяние, которое скрывает руки; оно так длинно, что выглядит как блуза с юбкой.) Дарий покинул Вавилон в начале февраля. Прежде чем направиться к Загросскому горному проходу, он сделал небольшой крюк у Суз, и эламиты в страхе убили Мартию. Теперь Дарий мог послать войска под командованием Артавардии назад по тому же самому пути, чтобы напасть на Вахъяздата, войска которого в Арахосии были уничтожены в районе Гандутавы 20 февраля. Полководец бежал в крепость Аршаду, где его схватили и убили по приказу Виваны. 6 марта Гистасп нанес поражение у Вишпаузатиша парфянским мятежникам, которые вступили в союз с Фравартишем из Мидии.
С основной армией персов Дарий сам прошел Загросские горы и присоединился к Видарне в Кандпаде. 8 мая он разгромил Фравартиша у Кундуруша. Это было решающее сражение. В память об этом он вскоре выбрал место, на котором была вырезана надпись, увековечившая его победы. В сопровождении нескольких всадников Фравартиш бежал в Рагу (Рагес), но за ним была послана погоня, которая привезла его назад. Ему отрезали нос, уши и язык, выкололи глаза и выставили на всеобщее обозрение, где он пребывал до тех пор, пока Дарий не решил посадить его на кол, а его союзников — повесить в крепости Экбатаны. Суровость наказания и подробности, с которыми оно описано, указывают на то, насколько серьезная опасность исходила от этого мидийца.