Петр повелел: имена приезжающих бояр (в монастырь) записывать, благодаря их за усердие, и они расставили около монастыря и по московской дороге стражу.
Царь Иоанн призывал (получив письмо от Петра) к себе Щегловитого и его сообщников, расспрашивая их о смятении. Они во всем отперлись, а доносили о злодействах Нарышкина. Иоанн им поверил, и тогда они купно с царевною просили его: да един он царствует. Царь с гневом ответствовал, что он брату, яко достойнейшему, самовольно уступает престол. Вы же всуе мятетесь… и повелел их, сковав, отослать в монастырь.
По привезении их Петр повелел патриарху допросить их по духовенству. Они принесли повинную и отдали написанную к Софии челобитную от имени всех стрельцов о принятии ею единовластного правления. Петр сию челобитную и расспросные речи за патриаршим свидетельством отослал в Москву к Иоанну.
Вины князей Голицыных сказаны были, что они без указу великих государей имя сестры их, царевны Софии Алексеевны, во всех делах и посольских грамотах установили обще с именами государей писать самодержицею и что в Крымском походе пользы никакой не учинили (тут есть несообразность).
Оставалась ненаказанной главная виновница смятений сестра обоих царей, правительница София. Петр послал ей приказ добровольно удалиться в монастырь. Царевна отклонилась от исполнения воли своего брата и готовилась бежать в Польшу. Тогда Петр послал Троекурова в Москву с повелением взять царевну и, не говоря ни слова, заключить ее в Новодевичий монастырь. Троекуров в точности исполнил приказание Петра; для виду предварительно отнеслись о том к Иоанну.
Царевна самодержавно правительствовала семь лет с половиною. На монетах и медалях изображалась она (по другую сторону царей) в короне, порфире и со скипетром с надписью: «Божиею Милостию Великие Государи Цари и Великие Князья Иоанн Алексеевич, Петр Алексеевич и Благоверная Государыня Царевна (а иногда и Царица) и Великая Княгиня София Алексеевна, всея Великия, Малыя и Белыя России самодержцы». Титул сей давался ей во всех грамотах, указах и письменных делах.
Изданы во время ее правления писцовый наказ о межевании земель, о разборах по сортам людей и войска, о распределении дворцовых чернослободских мест и беломестных дворов, корчемный устав и до 150 указов. Между сими указ, повелевающий казнить смертью лекаря, уморившего своего больного.
7 сентября от имени обоих царей состоялся указ, чтобы ни в каких делах имени бывшей правительницы не упоминать.
Петр выехал из монастыря и отправился в Москву. В селе Алексеевском встретили его все чины московские при бесчисленном множестве народа. Стрельцы от самого села до Москвы лежали по дороге на плахах, в коих воткнуты были топоры, и громко умоляли о помиловании. Петр въехал в Москву 10 сентября и прямо прибыл к собору. От заставы до самого собора стояло войско в ружье. Петр за спасение свое отслужил благодарственное моление. Перед царским домом встретил его Иоанн. Оба брата обнялись, и старший в доказательство своей невинности уступил меньшому все правление и до самой кончины своей (1696 г.) вел жизнь мирную и уединенную.
Отселе царствование Петра единовластное и самодержавное.
1695–1698. От первого Азовского похода до возвращения царя из первого путешествия
В начале весны войско, изо 100 000 состоящее, отправилось под начальством боярина Б. П. Шереметева. В сию же весну были взяты им турецкие города Кизы-Кермень, Нустриг-Кермень и Мурабек; первый был вновь укреплен, прочие разорены. На Днепровском острове Таване построена вновь крепость Тавань. Боярин кн. Алексей Семенович Шеин с 31 000 осадил Азов. В сем отряде находился и государь. В первом действии взяты были две каланчи, коих пушки очищали Дон, через который пролегала тройная цепь. Одну из сих каланчей взяли новые солдаты приступом, вступив в воду по плечи. Другая, в коей было гарнизону 6000 отборного войска, брошена была неприятелями. В ней найдена 21 пушка. Однако ж осада была неудачна. 1) Петр не имел еще флота, коим мог бы препятствовать привоз воинских и съестных припасов (воронежские корабли не были готовы). 2) В войске не было искусных инженеров, а начальствовавший артиллерией гвардии капитан голландец Якоб Янсен, ночью заколотя пушки, бежал в Азов. Осенью Шеин отступил, оставя в завоеванных каланчах по 3000 войска для задержания города в осаде. Войско разведено было по ближним городам, а в крепости и шанцы по Днепру определены гарнизоны.
По указу государя отправлен из приказа Большия Казны в Индию купчина Маленький с юфтью, рыбьей костью и сукнами. Ему дана была подробная инструкция. Маленький был в Испагани, в Агре и в Дели, имел свидание с шахом и Великим Моголом, путешествие его продолжалось пять лет, он умер на возвратном пути («Журнал Петра Великого». Ч. II – 345).
Петр в начале года возвратился в Москву.
Генваря 29 скончался брат его царь Иоанн Алексеевич на 30-м году от рождения.